Studium interakce polynukleotidů s bioaktivními látkami

Bc. Marek Vido

Master's thesis

Study on interaction of polynucleotides to bioactive compounds

Abstract:

This thesis is dedicated to the study of the interaction between the non-canonical DNA and isoquinoline alkaloids by electrospray mass spectrometry. Conditions suitable for the calculation of binding constants were found while testing the complexes of G-quadruplex structures with alkaloids sanguinarine, corysamine, coptisine and stylopine. Furthermore, polynucleotides, which do not form the G-quadruplex structure or form duplex, were used for the sake of comparison. Based on the results, the mass spectrometry technique may be used for the screening of numerous compounds, which might be able to interact with the non-canonical DNA. Subsequently, these compounds may be investigated by applying more precise but time-consuming molecular spectrometry methods.

Abstract:

Tato práce se věnuje studiu interakce nekanonické DNA s isochinolinovými alkaloidy pomocí hmotnostní spektrometrie s ionizací elektrosprejem. Byly sledovány a nalezeny vhodné podmínky pro výpočet afinitních konstant komplexů intramolekulárních G-kvadruplexů s alkaloidy sanguinarinem, korysaminem, koptisinem a stylopinem. Pro porovnání byly použity i polynukleotidy, které netvoří G-kvadruplexovú strukturu nebo tvoří duplex. Na základě získaných výsledků lze hmotnostní spektrometrii dále využít k prvotnímu výběru z velkého množství látek, u kterých se předpokládá schopnost interakce s nekanonickými formami DNA. Tyto látky mohou být potom sledovány pomocí přesnějších, ale zároveň časově náročnějších technik molekulové spektrometrie.

Kľúčové slová

hmotnostní spektrometrie, elektrosprej, isochinolinové alkaloidy, DNA, G-kvadruplex, interakce, konstanta afinity, mass spectrometry, electrospray, isoquinoline alkaloids, G-quadruplex, interaction, binding constant

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2018
• Vedúci: doc. Mgr. Petr Táborský, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Anna Týčová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Chemistry / Analytical Chemistry