Analýza historického zubního kamene ošetřeného chemickou konzervací

Bc. Kateřina Novotná

Diplomová práce

Analysis of ancient dental calculus treated by chemical conservation

Anotace:

V této studii byl zkoumán zubní kámen dvou historických populací z doby Velké Moravy (9.-10. století). Jednalo se o 11 jedinců z lokality Pohansko-Kostel, z níž byly kosterní pozůstatky chemicky konzervovány a 11 jedinců z lokality Znojmo-Hradiště, na které konzervování aplikováno nebylo. Cílem práce bylo zjistit, zda použité konzervační činidlo ovlivňuje výzkum starobylé DNA (aDNA) a případně do jaké míry. Na základě této práce byl prokázán statisticky významný rozdíl při porovnání výtěžků izolace, které chemická konzervace ovlivnila negativně. Naopak se neprokázal její vliv na délku získaných fragmentů. Sekvenování nové generace bylo úspěšné v obou případech. Nebyl prokázán statisticky významný rozdíl při porovnání počtu celkových úspěšných čtení mezi odlišnými typy vzorků. Dle získaných dat, jsou uvedené postupy vhodné pro výzkum aDNA i z konzervovaného zubního kamene.

Abstract:

This study focuses on the dental calculus of individuals from two population dated to the time of the Great Moravian Empire (9th-10th century). We analyzed 11 chemically non-treated samples from site Znojmo-Hradiště and 11 samples from site Pohansko-Kostel, which were chemically treated after excavation. The main aim of this study was to determine whether chemical conservation has any effect on ancient DNA (aDNA) and molecular studies of such samples. Based on our research, it was statistically proven that chemicals from conservation have a negative effect on isolation based on comparison of normalised yields. However, it didn’t affect the length of isolated fragments. Next-generation sequencing was successful in both cases. There wasn’t any statistically proven effect of conservation based on comparison of classified reads. This study shows that molecular analysis of dental calculus treated by chemical conservation is possible and our methods are sufficient.

Klíčová slova

aDNA, zubní kámen, sekvenování nové generace, paleomikrobiom, dental calculus, next generation sequencing, paleomicrobiome

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 7. 2020
• Vedoucí: Mgr. Dana Fialová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie