Pavel CHMELAŘ

Bachelor's thesis

Výpočet profilů Gibbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella sampling

Calculation of the Gibbs energy profile of the chemical reaction using ab initio molecular dynamic in combination with Umbrella sampling method
Abstract:
Tato bakalářská práce si kladla za cíl otestovat metodu pro výpočty profilů Gibbsovy energie, která bude používat Umbrella sampling techniku v kombinaci s hybridním QM/MM popisem systému a ADMP propagací vlnové funkce.Tato metoda je nejvhodnějším řešením pro studium mechanismů enzymatických a ribozomových reakcí. Velký důraz byl kladen zejména na optimalizaci časové náročnosti simulací a na spotřebu …more
Abstract:
The aim of the bachelor thesis was testing of the method calculating Gibbs energy profile that uses Umbrella sampling method in combination with the hybrid QM/MM description and the ADMP wave function propagation. This method is the most appropriate solution for studying the mechanisms of enzymatic and ribozyme reactions. The study was focused mainly on the optimization of the time and computational …more
 

Keywords

QM/MM Umbrella sampling WHAM PES profil Gibbsovy energie ADMP methylchlorid CH3Cl Gaussian MPW1K
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 1. 2012
Accessible from:: 17. 1. 2012

Thesis defence

  • Supervisor: Mgr. Pavel Banáš

Citation record

Cite this text
The right form of listing the thesis as a source quoted

CHMELAŘ, Pavel. Výpočet profilů Gibbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella sampling. Olomouc, 2012. bakalářská práce (Bc.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta

Full text of thesis

Accessibility: Autor si přeje zpřístupnit práci veřejnosti od 17.1.2012

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • Soubory jsou od 17. 1. 2012 dostupné: světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakulta
 
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights
Theses kwko98 kwko98/2
17/1/2012
Folders
Files
thesis Ab_initio_QM_MM_Ubrella_sampling_-_Pavel_Chmela.pdf
MARKLOVÁ, E.
18/1/2012

  • Co je jinak přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Co je jinak další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Co je jinak pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Co je nové vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Co je nové rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.

  • Co se chystá

    Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.