Funkce pro manipulaci a vizualizaci molekulárních dat v prostředí R

Mgr. Kamil Rajdl, Ph.D.

Bakalářská práce

Functions for processing and visualization of molecular data in R

Anotace:

Tématem této bakalářské práce je predikce struktury DNA molekul a jejich vizualizace, přičemž jsou vytvořeny funkce pro systém R, které umožnují zobrazovat DNA triplexy. Práce se skládá ze tří kapitol. V první kapitole jsou shrnuty potřebné biologické informace o struktuře a vlastnostech DNA. V druhé kapitole je uveden přehled nejznámějšího softwaru, který se zabývá výpočtem a vizualizací struktury DNA molekul. V poslední, třetí, kapitole jsou pak popsány vytvořené funkce.

Abstract:

The topic of this thesis is the prediction of structure of DNA molecules and their visualization. Functions for the system R for visualization of DNA triplexes were created. The work consists of three chapters. The first chapter summarizes the necessary biological information on the structure and properties of DNA. The second chapter provides an overview of the most widely known software that deals with the prediction and visualization of DNA molecules. Created functions are described in the third chapter.

Klíčová slova

DNA, triplex, vizualizace makromolekul, sekundární struktura, terciální struktura, párování nukleotidů, visualization of macromolecules, secondary structure, tertiary structure, pairing of nucleotides

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2012
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika