Strukturní studie halogenalkandehalogenasy DgaA z \kur{Glaciecola agarilytica} NO2

Bc. Ivana BERKOVÁ

Diplomová práce

Anotace:

Halogenalkandehalogenenásy (HLDs) jsou mikrobiální enzymy, které se staly významnou skupinou intenzivního zkoumání v rámci životního prostředí. HLDs jsou schopny ireverzibilní hydrolýzy širokého spektra halogenovaných sloučenin. Mohou být použity při průmyslové katalýze a bioremediaci znečišťujících látek životního prostředí. Protein DgaA byl prvně objeven v mořském sedimentu ve východní části Korei, který patří do nadrodiny a / hydroláz, izolovaná z psychrofilního a mírně halofilního organismu, Glaciecola agarilytica NO2. Hlavním cílem této práce bylo zpracování difrakčních dat z krystalů DgaA proteinů a následné řešení a zpřesnění struktury studovaného proteinu.

Abstract:

Haloalkane dehalogenases (HLDs) are microbial enzymes that have attracted significant interest because of their ability to catalyze the irreversible hydrolysis of a wide range of halogenated compounds. These enzymes can be used as potential applicants in industrial catalysis, in the bioremediation and the biosensing of environmental pollutants. Novel haloalkane dehalogenase DgaA (EC 3.8.1.5, HLDs) belonging to the superfamily of / hydrolases, was isolated from a psychrophilic and moderately halophilic organism, Glaciecola agarilytica NO2, that was found in marine sediment collected from the East Sea, Korea. Main target of this thesis was the processing of diffraction data from crystals of DgaA proteins and subsequent solving and refinement of structure of studied protein.

Klíčová slova

Strukturní studie, halogenalkandehalogenasy, rentgenová difrakce, vlastnosti proteinových krystalů, krystalografické programy, refinement, validace, Braggův zákon, fázový problém, prostorová grupa, WinCoot

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 12. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: prof. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Učitelství biologie pro SŠ - Učitelství chemie pro SŠ