Back to search

Mgr. Matěj Radvanský

Master's thesis

Identifikace biomarkerů ve střevní mikroflóře metodami statistiky a strojového učení.

Identification of biomarkers in human digestive tract by statistical and machine-learning methods.
Abstract:
Tato práce se zabývá problematikou identifikace biomarkerů v sekvenačních datech. Popisuje postupy, jakými lze přiřadit sekvence k odpovídajícím organismům a poté jak identifikovat organismy, které významně ovlivňují průběh zkoumané nemoci. Hlavním výstupem práce je nástroj, kterým lze v sekvencích FASTQ nalézt významné organismy z hlediska nemoci. K tomu jsou využity metody jako alfa a beta diverzita …more
Abstract:
This thesis is focused on biomarker identification in sequencing data. It describes techniques used for assigning sequences to organisms and on finding significant organisms in relation with examined disease. Some of used methods are alpha and beta diversity, feature selection with usage of tools like WEKA, Fizzy, Qiime and LEfSe. Result of this work is program for comparisson of stastical methods …more
 

Keywords

Identifikace biomarkerů Výběr atributů OTU tabulka Diverzita Strojové učení Mikrobiom
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 5. 2017
Identifier: https://is.muni.cz/th/kzkdc/

Thesis defence

  • Date of defence: 23. 6. 2017
  • Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
  • Reader: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution