Střevní mykobiom u lidí s různou výživou

Bc. Paulína Belvončíková

Diplomová práce

Intestinal mycobiome in people with different diets

Anotace:

Střevní mykobiom je pojem označující kolektivní genom kvasinek a vláknitých mikromycet kolonizujících náš gastrointestinální trakt. Tvoří jen 0,1% z celkového mikrobiálního zastoupení a je velmi nestabilní. Ovlivňuje ho zejména strava a metabolismus. Na rozdíl od standardní analýzy bakteriálního genu pro 16S rRNA, metodika analýzy mykobiomu není v současné době standardizována. Proto může být někdy složité rozlišit, které druhy jsou v mykobiomu přirozené a které potenciální původci onemocnění. Diplomová práce se zaměřuje na optimalizaci metagenomických postupů analýzy střevního mykobiomu. Optimalizované postupy jsou následně využity při analýze střevního mykobiomu u lidí s různou výživou a zdravotní kondicí. Během práce byla genomická DNA izolovaná ze vzorků stolice a amplifikovaná primery, které cílili na gen pro ITS2 rRNA. Po osekvenovaní na přístroji MiSeq (Illumina, Inc.), bylo analyzováno celkové složení mykobiomu a odlišnosti ve složení mykobiomu mezi jednotlivými skupinami.

Abstract:

The gut mycobiome refers to the collective genome of yeasts and filamentous micromycetes inhabiting our gastrointestinal tract. It makes up only 0.1% of the total microbial diversity and is very unstable. It is mainly influenced by diet and metabolism. Unlike standard analysis of the bacterial 16S rRNA gene, the methodology of analysing mycobiome is not currently standardised. Therefore, it can be sometimes difficult to distinguish which species are commensals or potential pathogens in the gut mycobiome. The master´s thesis focuses on the workflow optimisation of metagenomic approaches of analysing the gut mycobiome. The optimised workflow procedure is used in the analysis of the gut mycobiome in people with different diets and health conditions. In the workflow, genomic DNA isolated from stool samples was amplified with primer pair targeting the ITS2 rRNA gene. After sequencing on a MiSeq instrument (Illumina, Inc.), the overall mycobiome composition and composition differences between groups were analysed.

Keywords

mykobiom, intestinální trakt, zdraví, strava, veganství, cukrovka, obezita, interakce mykobiomu, metagenomika, optimalizace primerů, mycobiome, intestinal tract, health, diet, veganism, diabetes, obesity, mycobiome interactions, metagenomics, primer optimisation

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 6. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 7. 2021
• Vedoucí: Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Monika Cahová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Mikrobiologie / Mikrobiologie