Sledování vývoje leukemických klonů u pacientů s AML metodami sekvenace nové generace

Bc. Tamara Kunetková

Master's thesis

Study of leukemic clones evolution in AML patients by next generation sequencing methods

Abstract:

Akutní myeloidní leukémie (AML) je maligní onemocnění krvetvorné tkáně charakteristické nekontrolovatelnou klonální proliferací abnormálních myeloidních progenitorových buněk v kostní dřeni a krvi. U většiny nemocných lze na cytogenetické a molekulární úrovni identifikovat somatické aberace. Metody sekvenování nové generace mají potenciál tyto změny detekovat a kvantifikovat. Cílem diplomové práce bylo použít přístupu sekvenování nové generace k analýze mutací ve 20 genech s definovaným vztahem k AML u vybrané skupiny nemocných. Analyzováno bylo 10 pacientů s de novo AML a kurativním přístupem léčby. NGS analýzou byla u vyšetřovaných pacientů určena spektra mutací v době záchytu, remise a relapsu onemocnění. U mutací perzistujících v průběhu onemocnění byl došetřen somatický/ germinální původ mutací. Na základě detekovaných hodnot VAF byla sledována dynamika leukemických klonů v průběhu léčby. Získané výsledky mohou přispět k lepšímu pochopení procesu leukemogeneze.

Abstract:

Acute myeloid leukemia (AML) is a malignant disease of haematopoiesis characterised by uncontrolled clonal proliferation of abnormal myeloid progenitor cells in bone marrow and blood. It is possible to identify somatic aberration at a cytogenetical and molecular level for a majority of patients. The next generation sequencing methods have a potential to detect and quantify these changes. The aim of this master thesis was to use the next generation sequencing approach to analyse mutations in 20 AML-related genes in a selected group of patients consisting of 10 patients with de novo AML and curative care. The mutation spectra at the time of diagnosis, remission and relapse were determined by NGS analysis of the patients. Mutations persisting during disease evolution were subsequently analysed for their somatic/ germinal origin. The dynamics of the leukemic clones during disease course was observed based on detected VAF values. The obtained results may contribute to a better understanding of the leukemogenesis process.

Keywords

AML, NGS, mutace, klonalita, vývoj klonů, preleukemická krvetvorba, premutace, germinální mutace, mutations, clonality, clonal evolution, preleukemic haematopoiesis, premutation, germinal mutation

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 19. 6. 2017
• Supervisor: Ing. Ivana Ježíšková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Medical Genetics and Molecular Diagnostics