Karyotypová evoluce kopytníků

Bc. Šimon Farkaš

Master's thesis

Karyotype evolution of ungulates

Abstract:

Tato práce se v teoretické části věnuje některým modelům karyotypové evoluce, zejména u savců. Následně se zaměřuje na karyotypovou evoluci u Bovidae, využití satelitních sekvencí a kmen Alcelaphinii, kterému se věnuje i v praktické části. Karyotypy vybraných druhů byly prozkoumány technikami FISH za využití celochromozomových malovacích a BAC sond.Hybridizace malovacích sond potvrdila, že fúzní submetacentrický chromozom společný pro celý kmen Alcelaphini je výsledkem fúze akrocentrických orthologů BTA2 a BTA25. Podrobnější prozkoumání pomocí BAC sond prokázalo,že u Alcelaphinii na ramenech fůzních chromozomů odpovídajících BTA1 a BTA3 nedošlo k žádné významné přestavbě. U tří zástupců kmene Alcelaphinii byla izolována a sekvenována sat II DNA. Porovnáním získaných sekvencí s databází NCBI byli nalezeni nejbližší příbuzní tohoto kmene. BAC sondy byly použity pro studium X chromozomů krávy, buvolce a ovce. Hybrizační výsledky prokázaly, že X chromozomy u buvolce a ovce mají stejnou strukturu a že kmen Alcelaphini má chromozom X typu „Capra“.

Abstract:

Theoretical part of this thesis deals with various models of karyotype evolution, mainly concerning mammals. Later it switches its focus to karyotype evolution in Bovidae, sat sequences and tribe Alcelaphini. Practical part of this thesis mostly deals with karyotype evolution in Alcelaphini. FISH techniques utilizing whole chromosome painting and BAC probes were used to study karyotype evolution in representative species of tribe Alcelaphini. Hybridization of painting probes confirmed that the fusion submetacentric chromosome common to all of Alcelaphini is a result of fusion between orthologs of BTA2 and BTA25. In depth study of fusion chromosome BTA1;10 and BTA 3;19 utilizing BAC probes has shown that no significant rearrangements occurred on arms orthologous to BTA1 and BTA3. Sat II DNA sequences of three Alcelaphini representative species were isolated and sequenced. The closest relatives of tribe Alcelaphini were found by comparing acquired sequences to NCBI database. BAC probes were also used to study X chromosomes of cow, sheep and blesbok. Results of this hybridization have shown structural similarity between X chromosomes of sheep and blesbok, which means that tribe Alcelaphini has "Capra" type of X chromosome.

Keywords

chromozómová přestavba, karyotyp, Bovidae, Alcelaphini, Antilopini, evoluce, FISH, sat I, sat II, chromosome rearrangement, karyotype, evolution

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 6. 6. 2016
• Supervisor: prof. MVDr. Jiří Rubeš, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics