Computational Methods for Detecting Ligand Accessible Pathways – Bc. Lukáš Pravda
Bc. Lukáš Pravda
Diplomová práce
Computational Methods for Detecting Ligand Accessible Pathways
Computational Methods for Detecting Ligand Accessible Pathways
Anotace:
Cílem této práce bylo najít a analyzovat software pro práci s prázdnými místy v proteinech. V rámci těchto prázdných míst jsem se zaměřil na tunely. V průběhu studia literatury jsem našel 4 různé nástroje s tímto zaměřením (Mole1.4, Mole2.0, Caver, MolAxis). Následně jsem vytvořil testovací sadu pro porovnání těchto nástrojů a provedl důkladnou srovnávací studii. Na základě výsledků této studie jsem …víceAbstract:
The aim of this thesis was to find and analyze software capable of calculating protein empty voids with an emphasis on tunnel detection. During the publication study, I found 4 different tools with such capabilities (Mole1.4, Mole2.0, Caver, MolAxis). Subsequently, I created a test set for evaluating and comparing these tools and made a thorough benchmark study. Based on these results I have chosen …více
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 5. 2012
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/v64i4/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 29. 6. 2012
- Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
- Oponent: RNDr. Karel Berka, Ph.D.
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasarykova univerzita
Fakulta informatikyMagisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika