Detekce alel S lokusu autoinkompatibility u odrůd meruněk s využitím PCR

Daria Penzina

Diplomová práce

PCR based detection of S alleles of selfincompatibility locus in apricot varieties

Anotace:

V průběhu této práce věnované S-genotypování odrůd meruňky obecné byl analyzován soubor z 42 odrůd. Do výzkumu byly zapojeny jak tradiční české odrůdy, tak i známé odrůdy jiného původu. S-genotypování bylo provedeno pomocí PCR-analýzy s primery SRc-F/R pro amplifikaci prvního intronu genu S-RNázy a AprFBC8-F/R pro amplifikaci variabilního úseku genu SFB pro rozlišení alel SC a S8. Také bylo provedeno sekvenování všech amplifikovaných alel prvního intronu genu S-RNázy. Pomocí uvedené metodiky byly přesně stanoveny celé S- genotypy 15 a částečné S-genotypy 20 odrůd. Avšak použitá metodika nebyla efektivní při určení genotypů ostatních 7 odrůd. U několika odrůd se vyskytly produkty amplifikace s dosud neznámými velikostmi, což v důsledku znemožnilo stanovit jejich S-alely. Celkem 22 odrůd bylo zařazeno do 5 různých skupin v souladu s jejich opylovacími vztahy, přičemž 17 z nich bylo přiřazeno ke skupině autokompatibilních odrůd. 28 odrůd (převážně českých) bylo do výzkumu věnovanému S-genotypování zapojeno vůbec poprvé, což přináší cenné výsledky pro práci místních pěstitelů a šlechtitelů této významné ovocné plodiny. Závěrem byly navrženy způsoby optimalizace použité metodiky S-genotypování meruňky.

Abstract:

This study is focused on the S-genotyping of common apricot cultivars. A total of 42 cultivars were analyzed, including both traditional Czech cultivars and well-known varieties of different origin. The S-genotyping was carried out through PCR-analysis using primers SRc- F/R for the S-RNase first intron amplification and AprFBC8-F/R for the amplification of the variable region of the SFB gene, which helped to distinguish between the two alleles SC and S8. Additionally, all the amplified alleles of the S-RNase first intron were sequenced. Using the described technique, the exact complete or partial S-genotype was determined in 15 and 20 varieties, respectively. However, the applied method was not effective in identifying the genotype of 7 cultivars. In some varieties, the amplification revealed products of previously unreported sizes, making it impossible to determine their S-alleles. A total of 22 cultivars were included in 5 different groups in correspondence with their pollination requirements, with 17 of them being assigned to a group of self-compatible cultivars. 28 of the analyzed varieties (mostly Czech) were included in a study dedicated to S-genotyping for the first time, which brings valuable results for the work of local growers and breeders of this important fruit crop. Lastly, particular ways of optimizing the used apricot S-genotyping technique were suggested.

Klíčová slova

autoinkompatibilita, meruňka, S-lokus, S-RNáza, F-box, PCR

Keywords

self-incompatibility, apricot, S-locus, S-RNase, F-box, PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 4. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 5. 2024
• Vedoucí: Ing. Petr Sedlák, Ph.D.
• Oponent: Pavol Suran, externi

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Magisterský studijní program:
Zahradnictví