Aplikace pro porovnání molekulárních fragmentů

Bc. Martin Pruška

Diplomová práce

Application for molecular fragment comparison

Anotace:

Porovnání molekulárních fragmentů je užitečné pro výzkum v oblasti bioinformatiky a chemoinformatiky. Pro tento problém je v současnosti dostupný nástroj SiteBinder, který je implementován s využitím frameworku Silverlight. Silverlight je v součanosti mrtvá technologie a to mnoha uživatelům znemožňuje aplikaci využívat. Cílem této práce je seznámit čtenáře s principem algoritmu pro přikládání molekul. Text se dále zabývá praktickou částí, popisuje nově vytvořenou implementaci algoritmu a v závěru předsavuje dosažené výsledky.

Abstract:

Comparison of molecular fragments is very useful for research in bioinformatics and cheminformatics. For this purpose, there is a software called SiteBinder available. The application is implemented using framework Silverlight, which is not supported anymore by new web browsers so it is hard to use. The goal of the thesis is to present algorithm for fragment comparison in the first part, in the next section new implementation of the algorithm is introduced together with results of practical application.

Klíčová slova

Porovnávání molekulárních fragmentů, přikládání struktur, RMSD, bílkovina, chemoinformatika, SiteBinder, LiteMol

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2016
• Vedoucí: RNDr. David Sehnal, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Služby - výzkum, řízení a inovace