Využití molekulárních dat pro fylogenetické a kofylogenetické studie v parazito-hostitelských systémech

Bc. Martin Polák

Bachelor's thesis

The use of molecular data for phylogenetic and co-phylogenetic studies in host-parasite systems

Anotácia:

U některých skupin organismů došlo během evoluce k těsnému koevolučnímu provázání. Příkladem takového možného provázání jsou parazito-hostitelské systémy. Jsou-li známy pravděpodobné fylogenetické rekonstrukce parazitů a hostitelů, lze srovnáním dvou fylogenetických stromů stanovit pravděpodobný průběh jejich koevoluce. Ten popisuje soubor koevolučních událostí (kospeciace, vnitrohostitelská speciace, hostitelský přeskok, třídění linií a „failure to diverge“). Pro sestavení fylogenetických stromů se pro svoji výhodnost používají sekvence úseků DNA. Tato bakalářská práce popisuje nejčastěji používané úseky DNA (geny pro rDNA a některé mitochondriální geny) a jejich využití při rekonstrukci fylogeneze u parazitů včetně navazujících kofylogenetických analýz a metody používané pro tyto analýzy. Zvlášť je pozornost věnována rybím parazitům z třídy Monogenea, které pro svoji hostitelskou specifitu představují vhodný model pro obecné studium parazito-hostitelské koevoluce.

Abstract:

During the evolution some groups of organisms have become coevolutionary associated with other groups, as is the case of host-parasite systems. To explore coevolutionary history of hosts and their associated parasites phylogenetic reconstruction of parasites and phylogenetic reconstruction of hosts have been compared. Coevolution is described by coevolutionary events (cospeciation, intrahost speciation, host-switching, linage sorting events and failure to diverge events). The DNA sequences are very useful for phylogenetic reconstructions. This bachelor thesis focuses on DNA sequences which are the most suitable for phylogenetic analyses (rDNA genes and several mitochondrial genes). It also reviews their applications in the phylogenetic reconstruction of parasitic groups and cophylogenetic analyses of host-parasite systems as well as the methods which are currently used for these analyses. The thesis is specifically focussed on fish ectoparasites belonging to Monogenea. This parasite group represents due to high host specifity very suitable model for studying host-parasite coevolution.

Kľúčové slová

fylogeneze, molekulární markery, parazito-hostitelský systém, fylogenetický strom, metody fylogenetické rekonstrukce, kofylogenetická analýza, koevoluce, phylogeny, molecular markers, host-parasite system, phylogenetic tree, methods of phylogenetic reconstruction, cophylogenetic analyses, coevolution

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 6. 2016
• Vedúci: doc. RNDr. Andrea Vetešníková Šimková, PhD.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics