Functional and structural characterization of key players in RNA quality control: the exosome, TRAMP and NRD1 complexes

Mgr. Peter Holub, Ph.D.

Doctoral thesis

Anotácia:

Kontrolou kvality RNA nazýváme soubor procesů odpovědných za udržování homeostáze různých druhů RNA molekul v buňce. V nedávné době byly tyto procesy popsány u organizmů počínaje jednobuňečnými kvasinkami a konče člověkem. V práci nabizím úvod do problematiky kontroly kvality RNA a shrnuji data získané o klíčových hráčích této dráhy v Saccharomyces cerevisiae: exosomu a komplexech TRAMP a NRD1. Představuji strukturní studie domény zodpovědné za endonukleázovou aktivitu exosomu, RNA vazebné domény TRAMP komplexu a domény zabezpečující interakci terminačního komplexu NRD1 s RNA polymerasou II. Dále popisuji biochemické vlastnosti jednotlivých podjednotek komplexu TRAMP a představuji předbežnou studii jejich regulace posttranslačními modifikacemi.

Abstract:

The RNA quality control is a set of processes responsible for maintaining the homeostasis of different RNA species in cell. It was recently described in organisms ranging from unicellular yeast to humans. Here I provide an introduction to this topic and sum up the data I have obtained on the key players of RNA quality control in Saccharomyces cerevisiae in the course of my PhD work: the exosome, TRAMP and NRD1 complexes. I present the structural study of an exosome domain responsible for endonuclease activity, RNA binding domain of TRAMP complex and domain required for protein-protein interaction between NRD1 complex and the RNA polymerase II. Furthermore, I describe the biochemical properties of individual subunits of the TRAMP complex and present the preliminary study of the posttranslational modifications that might be involved in its regulation.

Keywords

RNA quality control, exosome, TRAMP, NRD1 complex, Saccharomyces cerevisiae, protein-protein interactions, structure-function relationship, kontrola kvality RNA, exosom, NRD1 komplex, protein-proteinové interakce, vztah mezi strukturou a funkcí

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 1. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 2. 2013
• Vedúci: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Dalibor Blažek, Ph.D., doc. Mgr. David Staněk, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Biochemistry (4-years) / Biomolecular Chemistry