Discovery of GENERAL CONTROL NONDEREPRESSIBLE 5 protein interactors using proximity labeling

Uliana Potapenkova

Bakalářská práce

Objevení GCN 5 proteinových interaktorů pomocí proximitního značení

Anotace:

Proteiny obvykle nepůsobí jako samostatné jednotky, ale plní svou funkci v komplexech s jinými proteiny. Identifikace protein-proteinových interakcí (PPI) přináší vhled do regulace vývojových procesů rostlin a jejich reakcí na podmínky prostředí. V posledních letech bylo vyvinuto několik metod pro studium PPI, jelikož představují klíčové cíle výzkumu biologie rostlinného systému. Tato práce je zaměřena na metodu Proximity Labeling (PL) a to za účelem studia proteinových interaktorů GCN5. GCN5 je histonacetyltransferáza, která hraje klíčovou roli v obranných reakcích rostlin na různé abiotické stresy. Studie jeho interaktorů poskytují cenné informace o mechanismech acetylace histonů a způsobu, jakým se rostliny vyrovnávají s nepříznivými podmínkami. Zde jsou shrnuty výhody a nevýhody PL metody a ta je porovnána s jinými metodami studií PPI. Experimentální část téhle práce byla zaměřena na klonování GCN5 a přípravu plazmidu pro budoucí proximitní značení na bázi biotinu.

Abstract:

Usually, proteins don’t act as isolated species, but they perform their function in complexes with other proteins. Identification of protein-protein interactions (PPIs) brings insights into regulation of plant developmental processes and their response to the environmental conditions. In recent years, several methods to study PPIs were developed, since they represent the key objectives of plant system biology research. This thesis is focused on the Proximity Labeling (PL) assay in order to study GCN5 protein interactors. GCN5 is a histone acetyltransferase that plays a crucial role in plants’ defense responses to various abiotic stresses. Studies of its interactors provide valuable information on the histone acetylation mechanisms and the way plants cope with adverse conditions. Here, the advantages and disadvantages of PL assay are summarized and compared with other methods of PPIs studies. In the experimental part of this work, GCN5 was cloned and plasmid for further biotin-based proximity labeling was prepared.

Klíčová slova

proximity labeling, GCN5, HAG1, přechodní interakce, protein-proteinové interakce, metody výzkumu proteinových interakcí, abiotický stres

Keywords

protein-protein interactions, proximity labeling, abiotic stress, transient interactions, GCN5, HAG1, methods of protein interactions studies

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2023
• Vedoucí: Pavel Kerchev, Ph.D.
• Oponent: Kiril Mishev, externi

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Bakalářský studijní program:
Molekulární biologie a biotechnologie