Genetické vyšetření HLA alel asociovaných k celiakii

Kateřina SALZMANOVÁ

Bachelor's thesis

Molecular genetic testing for celiac disease-associated HLA alleles

Abstract:

Celiakie je autoimunitní onemocnění, které je charakterizováno intolerancí gliadinu tvořící část lepku. Jeho nesnášenlivost vede k chronické zánětlivé odpovědi ve sliznici tenkého střeva s následnou malabsorpcí vyznačující se chronickým průjmem, tukovitou stolicí a neprospíváním. Celiakie je multifaktoriální onemocnění, podílí se na něm faktory vnějšího prostředí a genetické. Genetická predispozice je dána HLA alelami HLA-DQ2 (DQA1*05/DQB1*02) nebo DQ8(DQA1*0301/DQB1*0302) nebo HLA-DRB1*04. Toto onemocnění má řadu nespecifických klinických příznaků, proto většina pacientů není vůbec diagnostikována. Odhadovaný počet nemocných je až 50 000, avšak skutečnými pacienty je pouze 15 % z nich. Cílem teoretické části bakalářské práce bylo shrnout poznatky o celiakii a molekulárně genetických metodách založených na PCR, které se využívají při diagnostice predispozic k celiakii. V teoretické části o celiakii se zabývám hlavně popisem, formami, diagnostikou, patogenezí a nemocemi asociovanými s celiakií. Dále jsem se zabývala popisem a nomenklaturou HLA systému a jeho asociací s chorobami. V závěru teoretické části jsem se věnovala molekulárně genetickým metodám založených na PCR (PCR-SSP a RT-PCR). Praktickou část bakalářské práce jsem prováděla v genetické laboratoři na Zdravotně sociální fakultě, Zemědělské fakultě a v GENLABS, s.r.o. v Českých Budějovicích. Zabývala jsem se HLA typizací alel asociovaných s celiakií. Vyšetření jsem prováděla metodami PCR-SSP pomocí kitu HISTO TYPE Celiac Disease od firmy BAG Health Care a RT-PCR pomocí kitu EliGene? Coeliac RT (DQ2, DQ8, DRB4). Cílem práce bylo osvojit si správnou laboratorní praxi v genetické laboratoři. Dále zavést a zoptimalizovat komerčně dodávaný kit pro vyšetření HLA alel asociovaných s celiakií na principu PCR-SSP. Vyšetřit již vyšetřené pacienty metodou RT-PCR. Porovnat obě metody z hlediska shody a náročnosti.

Abstract:

Celiac disease is an autoimmune disease, which is characterised by intolerance of gliadin creating a part of gluten. Its intolerance leads to a chronic inflammatory response in the mucous membrane of small intestine, followed by malabsorption characterized by chronic diarrhoea, greasy stool and failure to thrive. Celiac disease is a multifactorial disease, caused by external environment factors and genetic factors. Genetic predisposition is given by HLA alleles HLA-DQ2 (DQA1*05/DQB1*02) or DQ8 (DQA1*0301/DQB1*0302) or HLA-DRB1*04. This disease has got a set of unspecified clinical symptoms, that is why most of the patients are not diagnosed at all. Estimated count of the ill people is up to 50 000, however real patients are only 15 % of them. The aim of the theoretical part of the bachelor thesis was to sum up the findings about the celiac disease and molecular genetic methods based on PCR. In the theoretical part about the celiac disease, I deal mainly with the description, types, diagnostics, pathogenesis and also with the diseases associated with celiac disease. Moreover, I dealt with the description and the nomenclature of HLA system and its association with the diseases. In the end of the theoretical part, I dealt with molecular genetic methods based on PCR (PCR-SSP and RT-PCR). I carried out the practical part of the thesis in a genetic laboratory at the Faculty of Health and Social Sciences, at the Faculty of Agriculture and at GENLABS, s.r.o. in Budweis. I dealt with the HLA typisation of alleles associated with the celiac disease. I did the examination by means of two methods - PCR-SSP method with the help of HISTO TYPE Celiac Disease kit and RT-PCR method with the help of EliGene? Coeliac RT kit (DQ2, DQ8, DRB4). The aim of the work was to embrace correct laboratory practice in a genetic laboratory. Then also set and optimize a commercially sold kit for an examination of HLA alleles associated with the celiac disease on the PCR-SSP principle. Examine the already examined patients by means of RT-PCR method. Compare both methods on the terms of accordance and difficulty.

Keywords

celiakie, HLA-DQ2, HLA-DQ8, HLA typizace, PCR-SSP, RT-PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician