Studium molekulových interakcí v ribosomální RNA a ribozymech

Mgr. Petr Stadlbauer, Ph.D.

Bakalářská práce

Analysis of molecular interactions in ribosomal RNA and ribozymes

Anotace:

V této bakalářské práci se věnujeme studiu motivu four–way junction rodiny cH, který byl vystřižen z ribosomální RNA z helixů 94 – 97 a mediátorové RNA HCV IRES. Ke studiu byly použity techniky molekulové dynamiky. Analýza pohybů ukazuje dýchání helixů a anisotropní pohyb ramen vůči ostatním. Původcem pohybů jsou v řadě případů nespárované nukleotidy centrální smyčky. Stabilizační vliv na strukturu, způsobující omezení anisotropních pohybů, mají interakce cukrfosfátové páteře mezi rameny junction. V oblasti křížení řetězců se díky nižším hodnotám elektrostatického potenciálu objevují rezidenční místa dlouhočasových kationtů.

Abstract:

In this thesis we study family cH of four-way junctions, coming from helices 94 – 97 of rRNA of the large ribosomal subunit and from mRNA of the HCV IRES. We used molecular dynamics simulations. The analysis of motions shows breathing of the helices and anisotropic movement of one or two helices with respect to the others. This may be caused by bulged nucleotides of the central loop. Interactions between sugar-phosphate backbone of two helices lead to stabilization of the structure. The space near the point of strand exchange is attractive for cations due to low electrostatic potential.

Klíčová slova

RNA, ribosom, helixy 94-97, HCV IRES, four-way junction, molekulová dynamika

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2011
• Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie