Využití protilátek ke studiu proteinů signální dráhy vícestupňového přenosu fosfátu u Arabidopsis thaliana

Mgr. Hana Svozilová

Bachelor's thesis

Use of antibodies for the study of proteins from multistep phosphorelay signaling pathway in Arabidopsis thaliana

Abstract:

Metody využívající protilátek jsou jedním z důležitých nástrojů analýzy proteinů – umožňují jejich detekci, lokalizaci a pomáhají objasňovat protein-proteinové interakce. V rámci studia vícestupňového přenosu fosfátu u Arabidopsis thaliana se často praktikuje přístup, při kterém se protein zájmu fúzuje s reportérem či epitopovou nebo proteinovou značkou. Protilátky se pak vyvíjejí proti sekvenci, která je s proteinem fúzovaná, což vede k tomu, že se nemusí připravovat protilátky proti každému proteinu zájmu zvlášť. Přesto je snaha vytvářet protilátky, které jsou specifické přímo vůči určitému proteinu, který není fúzován s žádnou cizorodou sekvencí. Tím se eliminují možné nežádoucí interakce proteinu zájmu s reportérem či značkou a zároveň není nutné zdlouhavě připravovat umělé konstrukty. Vzhledem k vysoké podobnosti sekvencí v rámci proteinových rodin je však obtížné vyvinout protilátky, které křížově nereagují s žádným jiným sekvenčně příbuzným proteinem. I tak se dosud podařilo připravit vysoce specifické protilátky proti více než 13 proteinům vícestupňového přenosu fosfátu a proteinům jim příbuzným.

Abstract:

Immunological techniques are an important tool for protein analysis which enables to detect the proteins of interest, study their localization and clarify protein-protein interactions. For the study of the multistep phosphorelay signaling pathway, the protein of interest is frequently fused to a reporter or an epitope or a protein tag. The obtained antibodies are targeted against the sequence, which is fused to the protein of interest. Using this strategy, there is no need for developing antibody against every particular protein of the signaling pathway. However, there is an inquiry for developing antibodies which are able to interact specifically with one particular protein, not a fusion of proteins. By this, the unfavourable interactions with the fused sequence are eliminated and it is no longer necessary to prepare artificial constructs. Nevertheless, due to the high similarity among the proteins from one protein family it is hard to obtain antibodies, which do not cross-react with any other member of the same protein family. Despite this fact, researchers have developed antibodies against more than 13 proteins of the multistep phosphorelay signaling pathway and their related proteins.

Keywords

vícestupňový přenos fosfátu, Arabidopsis thaliana, protilátky, imunodetekce, imunolokalizace, multistep phosphorelay, antibodies, immunodetection, immunolocalization

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 8. 6. 2015
• Supervisor: Ing. Blanka Pekárová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics