Využití kvasinek při studiu proteinových komplexů

Bc. Markéta Nováková, Ph.D.

Diplomová práce

Analysis of protein complexes using yeast

Anotace:

Kvasinky slouží jako užitečný modelový organizmus pro studium proteinů a jejich interakcí. Proteinový komplex Smc5/6 je důležitý při opravě poškozené DNA. Je konzervován u všech eukaryot. Náplní této diplomové práce byla příprava a charakterizace čtyř mutantů podjednotky Nse3 kvasinkového komplexu Smc5/6 (druhu Schizosaccharomyces pombe). Všechny mutanty byly citlivé k hydroxymočovině a některé byly citlivé i k dalším faktorům poškozujícím DNA. Nejcitlivější z mutantů byl suprimován genem Brc1 a byl synteticky letální s alelou smc6-X. Žádná z mutací neovlivňovala interakci proteinu Nse3 s jeho vazebnými partnery v Smc5/6 komplexu. Všechny čtyři mutace se nacházejí na povrchu proteinu Nse3 na winged-helix doméně, která je typická pro DNA vazebné proteiny. Dá se předpokládat, že se tyto aminokyseliny podílejí na vazbě komplexu Smc5/6 k DNA.

Abstract:

Yeasts are a useful model organism for studying of protein interactions. The Smc5/6 protein complex is important for DNA damage repair. The aim of this master thesis was to prepare and characterize four yeast Nse3 mutants of the Smc5/6 complex (Schizosaccharomyces pombe). All the mutants had a strong phenotype after exposure to hydroxyurea. Some of them were sensitive to several DNA damage factors. The most sensitive mutant was suppressed by overexpression of Brc1 gene and was synthetically lethal with smc6-X allele. None of the mutations influenced interaction of Nse3 with its interaction partners in the Smc5/6 complex. All the mutations are located on the surface of Nse3 at the winged-helix domain, which is typical for DNA-binding proteins. This suggests that these amino acids may participate in the Smc5/6 complex binding to DNA.

Klíčová slova

kvasinky, proteinové interakce, proteinové komplexy, Smc5/6, oprava poškozené DNA

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2012
• Vedoucí: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Obecná biologie