Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu trubkonosí u plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus).

Vendula KŮROVÁ

Bakalářská práce

Cross-species amplification of microsatellites from Procellariiformes in Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus).

Anotace:

Tato bakalářská práce je zaměřena na nalezení polymorfních mikrosatelitových lokusů u plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus) pomocí cross-species PCR amplifikace. V teoretické části je popsán řád plameňáci, čeleď plameňákovití, plameňák růžový a jeho zařazení do systému. Dále se práce věnuje obecnému popisu mikrosatelitů, jejich dělením, mutacemi, využitím a mikrosatelitům izolovaným z řádu trubkonosí. V praktické části byla testována genomická DNA 6 nepříbuzných jedinců plameňáka růžového pomocí cross-species PCR amplifikace celkem 213 mikrosatelitových lokusů, které byly polymorfní u zástupců z řádu trubkonosí, přičemž 207 z nich bylo navrženo pro trubkonosé de novo a zbylých 6 bylo odvozeno od zástupců z řádů dlouhokřídlí a pěvci. Všechny mikrosatelitové lokusy poskytly produkt. Celkem jsem detekovala 48 hodnotitelných polymorfních mikrosatelitových lokusů.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on finding polymorphic microsatellite loci in Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus) using cross-species PCR amplification. In the theoretical part are described the Phoenicopteriformes, the Phoenicopteridae, the Greater Flamingo and its classification into the system. The thesis also deals with the general description of microsatellites, their division, mutations, applications and microsatellites isolated from the order of Procellariiformes. In the experimental part the genomic DNA of 6 unrelated Greater Flamingo individuals was tested by cross-species PCR amplification of a total of 213 microsatellite loci, which were polymorphic in species of the Procelariiformes, 207 of them were designed for Procelariiformes and the remaining 6 microsatellites were derived from the orders of the Charadriiformes and the Passeriformes. All microsatellite loci provided the product. Overall, I detected 48 scorable polymorphic microsatellite loci.

Klíčová slova

Cross-species PCR amplifikace, plameňák růžový (Phoenicopterus roseus), mikrosatelity, polymorfismus, alela

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie