Identifikace a analýza alternativního sestřihu v transkriptomu ječmene

Gabriela MAJZLÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Identification and analysis of alternative splicing in barley trancriptome

Abstract:

Studium alternativního sestřihu hraje důležitou roli v mnoha výzkumných projektech prováděných na pracovištích molekulární biologie. V rámci bakalářské práce byla vypracována literární rešerše na téma detekce a kvantifikace alternativního sestřihu. Kvalitativní a kvantitativní detekce alternativního sestřihu byl studován v rostlinách transgenního ječmene setého, který obsahoval gen AtCKX1 pod kořenově specifickým promotorem a který byl podroben stresu suchem. Pro analýzu byly použity programy Cufflinks a StringTie. Na základě kvalitativní analýzy izoforem byly zjištěny rozdílné údaje v počtu detekovaných izoforem což bylo způsobeno rozdílným přístupem softwarů k jejich detekci. Pro kvantitativní analýzu izoforem byly vybrány geny CKX (cytokinin oxidáz/reduktáz) u nichž byla následně provedena analýza, zda u nich dochází k odlišnému alternativnímu sestřihu v průběhu vystavení stresu suchem. Výsledky ukazují, že v případě srovnání WT a mutantních rostlin nedochází ve sledovaných časových bodech k výrazným změnám v expresi izoforem sledovaných genů. Zajímavé údaje byly ovšem zjištěny při sledování změn exprese těchto izoforem v průběhu stresu a následném revitalizačním procesu což ukazuje na zapojení studovaných izoforem do procesu adaptace rostlin při vystavení stresu suchem.

Abstract:

Studies of alternative splicing plays an important role in many research projects carried out at the workplaces of molecular biology. In the framework of the bachelor's thesis was prepared a literature search on the topic detection and quantification of alternative splicing. Qualitative and quantitative alternative splicing detection was studied in transgenic barley plants that contained the AtCKX1 gene under the root-specific promoter and which was subjected to drought stress. For analysis were used the programs Cufflinks and StringTie. Based on qualitative analysis of isoforms have been identified differing data in the number of detected isoforms which was caused by differences in the access software for their detection. CKX genes (cytokinin oxidase / reductase) were selected for quantitative isoform analysis and analyzed whether there was any alternative splicing during dry stress. The results show that, in the case of the comparison of WT and mutant plants, in the monitored time points there were not significant changes in the expression of the isoforms of the monitored genes. Interesting data were found in monitoring changes in the expression of these isoforms during stress and subsequent revitalization process, indicating the involvement of the studied isoforms in the process of plant adaptation when exposed to drought stress.

Keywords

ječmen, cytokininy, stres suchem, alternativní sestřih, bioinformatika

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 3. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Filip Kokáš

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Bioinformatics