Výpočetní nástroj pro automatickou anotaci stáří mobilních elementů

Mgr. Eva Dobešová

Bakalářská práce

An automatic pipeline for computational annotation of transposable element age

Anotace:

Tato práce se zabývá mobilními elementy v genomu (transposony) a možnostmi, jak lze u těchto elementů odhadnout dobu, která uplynula od jejich začlenění do cílového místa v sekvenci DNA. Cílem práce bylo vytvořit nástroj pro automatické vyhodnocení stáří transposonů s ohledem na jejich vzájemné vnoření a sekvenční charakteristiky.

Abstract:

This work deals with mobile genetics elements (transposons) and with possibilities how to estimate time since their insertion. The aim of this thesis was to create a tool for automatic evaluation of the age of transposons with respect to their mutual nesting and sequence characteristics.

Klíčová slova

Transposony, LTR retrotransposony, vnořené transposony, stáří transposonů, anotace genomu

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 1. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 2. 2016
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Ing. Tomáš Martínek

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika