Charakterizace DNA triplexů v dráze odmítnutí aloštěpu

Gabriela MIKESKOVÁ

Master's thesis

Characterization of DNA triplexes in the allograft rejection pathway

Abstract:

Odmítnutí aloštěpu vede často k úmrtí či poškození orgánů při transplantacích. Cílem práce bylo analyzovat geny zapojené v dráze odmítnutí aloštěpu za účelem predikce triplex-formujících sekvencí v jejich DNA pomocí bioinformatických metod. Pro vytipované sekvence DNA triplexů byly identifikovány vhodné podmínky jejich vzniku a byla podrobně charakterizována jejich teplota tání pomocí metody HRM. Z výsledků práce vyplývá, že se podařilo najít vhodné podmínky pro vytvoření DNA triplexu nacházejícího se v genu CD28. Toto se podařilo v prostředí neutrálního pH a daný triplex byl stabilní až do teploty 46 °C. Bylo také prokázáno, že jiný DNA triplex nacházející se v tomtéž genu je stabilní jen do teploty 31 °C a v lidském těle tedy pravděpodobně nehraje důležitou roli. Výsledky této práce přispěly k pochopení teplotní stability DNA triplexů a poodhalily nové možnosti pro jejich potenciální terapeutické využití.

Abstract:

Allograft rejection often leads to death or damage to organs during transplants. The work aimed to analyze the genes involved in the allograft rejection pathway in order to predict triplex-forming sequences in their DNA using bioinformatics methods. Suitable conditions for their formation were identified for the selected DNA triplex sequences and their melting point was characterized in detail using the HRM method. The results show that it was possible to find suitable conditions for the formation of a DNA triplex located in the CD28 gene. This was achieved in a neutral pH environment and the triplex was stable up to 46 ° C. It has also been shown that another DNA triplex found in the same gene is only stable up to 31 ° C and is therefore unlikely to play an important role in the human body. The results of this work contributed to the understanding of the thermal stability of DNA triplexes and revealed new possibilities for their potential therapeutic use.

Keywords

DNA triplex, odmítnutí aloštěpu, polyakrylamidová gelová elektroforéza, analýza teploty tání, transplantace orgánů, bioinformatická analýza

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2021

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Martin Bartas

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Chemistry / Experimentální biologie