Analýza embryonálních dětských nádorů pomocí techniky DNA čipů

Mgr. Jan Fröhlich, Ph.D.

Bachelor's thesis

Analysis of embryonal solid tumours using DNA microarrays

Abstract:

DNA mikročipy se staly v dnešní době velice významnou metodou používanou nejen ve výzkumu širokého spektra nádorových onemocnění. Hlavními výhodami, kterými se vyznačují, jsou značná rozlišovací schopnost a především možnost v jediném experimentu prozkoumat téměř celý genom. Současnou kombinací několika odlišných mikročipových platforem k analýze jediného vzorku, je možno obdržet komplexní informace z více úrovní jako například genomu či transkriptomu. I proto DNA mikročipy představují vynikající nástroj pro odhalování genomových nebo chromozómových aberací, popřípadě stanovení prognostických faktorů a klasifikaci nádorových onemocnění. Tato bakalářská práce se zabývá důležitými základními charakteristikami, využitím, pozitivy a negativy různých platforem DNA mikročipů, stejně jako historií provázející jejich vývoj. Dále podává obecné informace týkající se dětských embryonálních nádorů, jakožto významného činitele dětské úmrtnosti, a využití DNA mikročipů v jejich diagnostice.

Abstract:

Microarrays have become a very important method, which is not only used in research of a wide spectrum of cancers today. The main advantages of microarrays are high resolution and the opportunity to explore nearly the entire genome in single experiment. The combination of several different array platforms can be used to analyze a single sample and then it is possible to obtain comprehensive information from multiple levels, such as transcriptome or genome. Because of that microarrays are excellent tools for detecting genomic or chromosomal aberrations, the determination of prognostic factors and classification of cancer. This bachelor work deals with important basic features, applications, pros and cons of different DNA microarray platforms, as well as the history of their development. It also offers general information about children's embryonic tumors, as an important factor of child mortality, and the use of DNA microarrays in their diagnosis.

Keywords

mikročip, array, SNP, miRNA, expresní, ChIP, dětské nádory, solidní nádory, neuroblastom, meduloblastom, retinoblastom, hepatoblastom, nefroblastom, molekulární cytogenetika

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2010
• Supervisor: RNDr. Vladimíra Vallová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics