Sekvenční analýza genu pro LDL receptor

Denisa MAŠKOVÁ

Bachelor's thesis

Sequential analysis of the LDL receptor gene

Abstract:

Receptoru pro LDL (low density lipoprotein) je věnována v současné době pozornost. Byl objeven až v roce 1985 Goldsteinem a Brownem, kteří objevili jeho funkci a patogenezi familiární hypercholesterolémie. Receptor poskytuje buňce dostatek cholesterolu, který je nutný k syntéze membrán a slouží i jako prekurzor některých produktů buňky (např. žlučových kyselin a sterolů) (Aschermann et al., 2004). Mutace postihující gen pro LDL receptor (LDLR) značí poruchu funkce LDLR (Češka, 2005). Důsledkem poruchy je zvýšená koncentrace LDL-cholesterolu v plazmě a s tím související brzký rozvoj aterosklerózy a dalších poruch (Khan, 2014) Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genu LDLR. Gen se nachází na krátkých ramenech 19. chromozomu v oblasti 13.2, analyzován byl pouze exon 15. Identifikace mutací v genu LDLR byla provedena Sangerovým sekvenováním. Získané sekvence byly zpracovány v programu BioEdit a srovnány s mezinárodní databází NCBI (National Center for Biotechnology Information). Metodická část byla provedena na souboru 15 anonymizovaných vzorků DNA, u kterých byla nalezena jedna patogenní mutace (c.2253_2256dupGCTG) způsobující familiární hypercholesterolémii, jedna pravděpodobně benigní mutace (c.2225C>T), nejčastěji se vyskytovala benigní mutace (c.2232A>G) a byla nalezena i mutace v oblasti intronu. Pouze jeden vzorek byl bez mutace.

Abstract:

Attention is currently being paid to the LDL (low density lipoprotein) receptor. It was discovered in 1985 by Goldstein and Brown who discovered its function and pathogenesis of familial hypercholesterolemia. The receptor gives a cell enough cholesterol essential to membrane synthesis and attend as a precursor to some products of cells (for example bile acids and sterols) (Ashermann et al., 2004). The mutation that affect the LDL receptor (LDLR) gene indicate some disorder of LDLR functions (Češka, 2005). The result of the disorders are increased of plasma LDL cholesterol and the associated early development of atherosclerosis and other disorders (Khan, 2014). This bachelor thesis deals with the analysis of the LDLR gene. The gene is located on the short arms of chromosome 19 in region 13.2, only exon 15 was analyzed. Identification of mutations in the LDLR gene was performed by Sanger sequencing. The sequences were processed in EditBio program and compared with the NCBI (National Center for Biotechnology Information). The methodical part was performed on a set of 15 anonymized DNA samples in which one pathological mutation (c.2253_2256dupGCTG) was found causing familial hypercholesterolemia, one probably benign (c.2225C>T), the most frequent was benign mutation (c.2232A>G) and one mutation in the intron was also found. Only one sample was without mutation.

Keywords

LDLR, familiární hypercholesterolémie, PCR, Sangerovo sekvenování, NBCI

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician