Molecular characterization of Grapevine Pinot gris virus in Poland

Karolina Katarzyna Pieczonka

Diplomová práce

Molekulární charakterizace viru Grepevine Pinot gris virus v Polsku

Anotace:

Vzorky různých odrůd vinné révy z Małopolska a Podkarpacie shromážděné na jaře roku 2016 byly testovány na Grapevine Pinot gris virus (GPGV) RT-PCR. 16 ze 65 rostlin bylo pro GPGV pozitivní. Byly použity dvě sady primerů pro detekci, zaměřené na parciální pohybový protein a obalový protein, a RdRp doménu, obě tyto oblasti byly sekvenovány. Fylogenetické analýzy potvrdily, že polské izoláty patří do tzv. asymptotické skupiny. Pozitivní GPGV vzorky byly testovány multiplex a simplex RT-PCR a 18,5% všech vzorků bylo GPGV a GFkV pozitivní. Jedná se o první průzkum GPGV v Polsku.

Abstract:

Samples of different varieties grapevine from Małopolska and Podkarpacie collected on spring 2016 were tested for Grapevine Pinot gris virus (GPGV) by RT-PCR. 16 out of 65 plants were found positive for GPGV. Two set of primers were used for detection, targeting partial movement protein and coat protein, and RdRp domain, both of those regions were sequenced. Phylogenetic analyses settled the Polish isolates to described before asymptotic group. Also GPGV positive samples were tested by multiplex and simplex RT- PCR for multiple infections, and 18,5% of all samples were GPGV and GFkV positive. This was first survey of GPGV in Poland.

Klíčová slova

virologie, RT-PCR, sekvenování, fylogenetika, réva vinná

Keywords

phylogenetics, grapevine, virology, RT-PCR, sequencing

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Aleš Eichmeier, Ph.D.
• Oponent: Barbara Nowak, externi

Mendelova univerzita v Brně

Zahradnická fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Zahraniční studenti - krátkodobé studijní pobyty ZF / Joint Degree