Cell Tracking Using Siamese Networks

Bc. Kristýna Janků

Bakalářská práce

Anotace:

Tato práce zkoumá možnosti využití siamských neuronových sítí pro sledování pohybu buněk v časosběrných 2D sekvencích. Pro porovnání byly zvoleny tři siamské trackery: SiamRPN++, Siam R-CNN a SiamMOT. Teoretická část práce popisuje architektury a principy fungování těchto trackerů a také siamských neuronových sítí obecně. Upravené oficiální implementace porovnávaných trackerů jsou poté využity pro experimenty na třech datových sadách ze Cell Tracking Challenge, a je provedeno jejich vzájemné srovnání.

Abstract:

This thesis investigates the possibilities of using siamese neural networks for tracking cells in 2D time-lapse sequences. Three siamese trackers were selected for comparison: SiamRPN++, Siam R-CNN, and SiamMOT. The theoretical part of the thesis describes the architectures and principles of function of these trackers as well as siamese networks in general. Modified official implementations of the compared trackers are then used to perform experiments on three datasets from the Cell Tracking Challenge, and their mutual comparison is performed.

Keywords

artificial intelligence, neural networks, siamese neural networks, cell tracking, umělá inteligence, neuronové sítě, siamské neuronové sítě, sledování pohybu buněk

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 2. 2023
• Vedoucí: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Filip Lux

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika