Visual Specification of Temporal Properties over Time Series

Mgr. Tomáš Vejpustek

Bakalářská práce

Anotace:

Tato práce představuje nový formalismus určený pro vizuální specifikaci temporálních vlastností, jehož účelem je tento proces usnadnit. Tento formalismus vychází z interpretace lineární temporální logiky na časové řadě a je odvozen z temporálních vlastností daných časovou řadou, která může tvořit výstup experimentu in vivo, in vitro nebo in silico. Důležitou částí této práce je implementace prototypu grafického editoru, který je zamýšlen jako nástroj umožňující specifikaci temporálních vlastností pomocí tohoto formalismu a který tyto vlastnosti automaticky převádí do lineární temporální logiky. Použití tohoto editoru je demonstrováno na vzorové vlastnosti.

Abstract:

This work presents a new formalism for visual specification of temporal properties as a means of this process facilitation. This formalism is based on linear temporal logic interpretation over time series and is derived from temporal properties specified by time series, which may constitute output of an experiment in vivo, in vitro or in silico. An important part of this thesis is implementation of a graphical editor prototype, which is intended as a tool for specifying temporal properties in this formalism and which automatically translates them into linear temporal logic. Usage of this editor is demonstrated on an example property.

Keywords

systems biology, biological modelling, time series, model checking, temporal properties, visual specification, systémová biologie, biologické modely, časová řada, temporální vlastnosti, vizuální specifikace

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2011
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Sven Dražan

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Matematická informatika