Příprava celogenomových DNA sond pro techniku komparativní genomové hybridizace metodou DOP-PCR

Bc. Romana Zaoralová

Master's thesis

Anotácia:

Předmětem této práce je optimalizace komparativní genomové hybridizace (CGH) z malého množství materiálu. Praktické provedení spočívalo v optimalizaci metod celogenomové amplifikace pro účely komparativní genomové hybridizace, následné značení amplifikátu, výběr nejvhodnější z testovaných metod, hodnocení profilů získaných amplifikací různých množství vstupní DNA a jejich srovnání s výsledky standardní CGH. Výsledky CGH z malého množství odpovídaly standardní CGH v případech od amplifikace 1 ng DNA, což představuje ekvivalent stovek buněk, tedy snížení nároku na množství vstupní DNA o tři řády.

Abstract:

In this work CGH from smaller amounts of DNA has to be optimized. The practical part of this work was to find the best protocol of whole-genome amplification for CGH from smaller amount of DNA, labeling of the probe for CGH, getting the CGH profiles from variable amounts of DNA and comparing them with standard CGH. DOP-PCR with LA-polymerases mix showed good ability to be used for CGH from amounts of 1 ng DNA or larger.

Kľúčové slová

CGH, DOP-PCR, SDA, celogenomová amplifikace, fluorescenční značení sondy, in situ hybridizace

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 5. 2006

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2006
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Molecular Biology and Genetics