Populačně genetický rozbor plemene starokladrubský kůň

Ing. Hana Vostrá Vydrová

Doctoral thesis

Population genetic analysis of Old Kladruber horse

Abstract:

Starokladrubský kůň, spolu s plemenem lipicán, andaluský kůň a lusitano, patří mezi plemena starošpanělského a staroitalského typu a je chováno ve dvou barevných variantách (bělouši a vraníci). Protože se jedná o uzavřenou populaci, je populace ohrožena ztrátou genetické proměnlivosti. Genetická rozmanitost a populační struktura byla analyzována u starokladrubského koně na základě rodokmenových záznamů jedinců registrovaných v plemenné knize. Dále byly identifikovány faktory, které mohou ovlivnit genetickou variabilitu starokladrubského plemene. Rodokmenové záznamy použité v analýze zahrnovaly data o 7971 jedincích v rozmezí let 1729 až do roku 2013. Rodokmenové záznamy zahrnovaly 33 generací předků, s průměrnou kompletností rodokmenu 15,1. Efektivní počet zakladatelů a předků přispívajících do současného genofondu populace byl 92,69 a 17,16. Průměrné hodnoty koeficientů příbuzenské plemenitby byly následující: 13 % (s maximální hodnotou 29 %) pro referenční populaci (jedince schopné reprodukce n=612 jedinců), 11 % pro variantu běloušů (s maximální hodnotou 25 %) a 15% pro vranou variantu (s maximální hodnotou 29 %). Podíl inbredních jedinců v celé referenční populaci představoval 99 %. Průměrný nárůst koeficientu příbuzenské plemenitby z generace na generaci nabýval hodnot: 1% pro celou referenční populaci, 0,8 % pro variantu běloušů a 1,1 % pro variantu vraníků. Těmto hodnotám odpovídaly také hodnoty efektivní velikosti populace, které byly odhadnuty: 52 jedinců pro referenční populaci, 62 jedinců pro bílou variantu a 45 jedinců pro variantu vraníků. Odhadnuté ztráty genetické rozmanitosti z důvodu nenáhodného páření uvnitř sledované populace a barevných subpopulací byly 1 % pro celou referenční populaci a pro variantu běloušů a 1,2 % pro variantu vraníků. Celková ztráta genetické rozmanitosti pro celou referenční populaci a pro variantu běloušů a vraníků dosahovaly hodnot 11 %, 13% a 17%.

Abstract:

The Old Kladruber horse, along with the Lipizzaner horse, Andalusian horse and Lusitano horse, is of the original Italo-Spanish type. The Old Kladruber horse is kept in two colour varieties (grey and black). Because the population is closed, there is a concern about the loss of genetic variation. The genetic diversity and population structure were analysed in the Old Kladruber horse breed based on the pedigree information of animals that were registered in the Studbook to identify factors that may have affected the genetic variability of the breed. Pedigree records collected from 1729 to 2013 contained information on 7971 animals that were used in the analyses. The pedigree depth was up to 33 generations, with an average of 15.1 complete generations. The effective number of founders and ancestors contributing to the current genetic pool was 92.69 and 17.16, respectively. The average values of the inbreeding coefficient were as follows: 13% (with a maximum value of 29%) for the reference population (individuals that can currently take part in reproduction, n=612), 11% for the grey variety (with a maximum value of 25%) and 15% for the black variety (with a maximum value of 29%). The proportion of inbred animals was high (99%). The average rate of inbreeding in the reference population was 1%: 0.8% for the grey variety and 1.1% for the black variety, and the respective estimates of the effective population sizes were 52 for the reference population, 62 for the grey variety and 45 for the black variety. The estimated percentage of genetic diversity lost due to non-random mating within subpopulations and the reference population was 1.0, 1.0 and 1.2%, respectively. The total loss of genetic diversity in the reference population, in the grey variety and in the black variety was 11%, 13% and 17%, respectively.

Keywords

genetická rozmanitost, rodokmenová analýza, koeficient příbuzenské plemenitby

Keywords

pedigree analysis, inbreeding coefficient, genetic diverzity

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 10. 2016

Thesis defence

• Supervisor: doc. Mgr. Ing. Ivan Majzlík, CSc.
• Reader: Jindřich Čítek, externi, Karel Mach, externi, Radovan Kasarda, externi

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Doctoral programme / field:
Animal Science / General Animal Science