Celogenomová sekvenace Treponema pallidum subsp. pallidum kmene Haiti B

Bc. Eliška Vrbová

Diplomová práce

Whole genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pallidum strain Haiti B

Anotace:

Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) je spirocheta způsobující onemocnění syfilis, která je blízce příbuzná s poddruhem pertenue (TPE) způsobující onemocnění yaws. Kmen Haiti B, který byl izolován v 50. letech na Haiti, byl původně považován za poddruh pertenue a až na základě znalosti částečných sekvencí genomu začal být řazen k podruhu pallidum. Tato práce se zaměřuje na získání celogenomové sekvence kmene Haiti B pomocí metody PSGS (pooled segment genome sequencing), na analýzu sestavené sekvence a její porovnání především s TPA kmenem Nichols, na detailní analýzu nalezených nukleotidových změn a také na fylogenetickou analýzu.

Abstract:

Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA) is a spirochete causing disease syphilis. TPA is closely related to ssp. pertenue (TPE), the causative agent of yaws. Strain Haiti B, which was isolated in 50th on Haiti, was originally assumed to belong to ssp. pertenue. Later, because of additional knowledge of partial sequences of its genome, it was assigned to ssp. pallidum. The main aim of this thesis is to determine whole-genome sequence with PSGS method (pooled segment genome sequencing), to analyze the obtained sequence and compare it primarily with the TPA strain Nichols, to analyse the nucleotide differences between Haiti B and other TPA strains and to conduct phylogenetic analysis.

Klíčová slova

Treponema pallidum, Haiti B, TPA, PSGS, syfilis, celogenomová sekvenace, analýza genomu, syphilis, whole-genome sequencing, genome analysis

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2018
• Vedoucí: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Monika Dvořáková Heroldová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika