Studium přesnosti měření v mikroskopii pomocí simulací

Bc. Daniel Mudrík

Master's thesis

Study of measurement precision in microscopy using simulations

Abstract:

The aim of this thesis is to study various factors which influence measurements in microscopy and to systematically test their effect on measurement accuracy. For this purpose, the CytoPacq data simulator is used to compare the properties of the original image data with images acquired using a simulated fluorescence microscope. The introductory chapters describe the types of image errors that occur when acquiring an image. The following chapters examine the dependence of measurement accuracy on various parameters of the simulated data, as well as the type of segmentation method used.

Abstract:

Cieľ tejto práce je zameraný na sledovanie faktorov, ktoré ovplyvňujú merania v mikroskopii, a systematické testovanie ich vplyvu na presnosť meraní. Pre tento účel je využitý simulátor dát CytoPacq, pomocou ktorého sú porovnané vlastnosti pôvodného, nepoškodeného obrazu s vlastnosťami obrazu získaného simulovaným fluorescenčným mikroskopom. Úvodné kapitoly práce popisujú typy obrazových chýb, ktoré nastávajú pri získavaní obrazu. V nasledovných kapitolách sú skúmané závislosti presnosti merania na rôznych parametroch simulovaných dát, ako aj použitej segmentačnej metóde.

Kľúčové slová

fluorescenčná mikroskopia, CytoPacq, segmentácia obrazu, presnosť merania

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 12. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 2. 2020
• Vedúci: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Karel Štěpka, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics