Mgr. David Bednář, Ph.D.

Doctoral thesis

Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes

Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes
Abstract:
Disertační práce se zabývá studiem strukturních a funkčních závislostí v proteinech metodami molekulového modelování. V úvodních kapitolách je popsán teoretický zaklad stability proteinů. Stabilita je jednou z nejdůležitějších vlastností proteinů a odvíjí se od ní možnosti použití proteinů jak v základním výzkumu, tak i v průmyslu. Stabilitu dělíme na termodynamickou (rozdíl v energiích mezi sbaleným …more
Abstract:
ím místě, která vede k vazbě substrátu podél hydrofobní stěny proteinu v konformaci výhodné pro (R)-enantiomer. Pětibodový mutant DhaA má opačné vlastnosti než DbjA (hůře přístupné a méně hydratované aktivní místo) a přesto vykazuje stejnou selektivitu. Kombinací přístupů místně-cílené mutageneze, kinetických měření a molekulového modelování byl vysvětlen rozdíl mezi dvěma různými způsoby enantiodiskriminace …more
Abstract:
This dissertation is devoted to studying the structure-function relationships of proteins using the methods of molecular modeling. In the opening chapter, the emphasis is on the theoretical basis of protein stability. Stability is one of the most important properties and the use of proteins depends on good stability in both basic research and industry. Stability can be divided into thermodynamic (the …more
Abstract:
its active site than DbjA (less hydrated and less accessible active site) and yet exhibits the same enantioselectivity. The difference in enantiodiscrimination of dehalogenases was explained using a combination of site-directed mutagenesis, kinetic measurements, and molecular modeling.
 
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 21. 2. 2017

Thesis defence

  • Date of defence: 21. 4. 2017
  • Supervisor: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
  • Reader: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD., RNDr. Jiří Vondrášek, Ph.D.

Citation record

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta