Analýza koeficientu příbuzenské plemenitby u vybraného plemene koní na základě rodokmenových údajů.

Nataliia Kolesnyk

Diplomová práce

Analysis of the Inbreeding Coefficient in a Selected Horse Breed Based on Pedigree Data.

Anotace:

Tato diplomová práce se zaměřuje na genetickou analýzu populace starokladrubských koní s důrazem na jejich genetickou diverzitu a strukturu. Starokladrubský kůň je chován ve dvou barevných variantách (bělouš a vraník). Vzhledem k uzavřenosti populace panují obavy z možné ztráty genetické variability. Tato studie analyzovala genetickou diverzitu a strukturu populace starokladrubských koní na základě údajů z plemenné knihy zaznamenaných v letech 1729 až 2023. Datový soubor zahrnoval 10 105 jedinců. Hloubka rodokmenu dosahovala až 56 generací s průměrem 8 kompletních generací. Referenční populace zahrnovala 597 jedinců, přičemž maximální hloubka rodokmenu byla 55 generace a průměrná hloubka rodokmenu činila 42,53 generace. Celkový počet zakladatelů a předků, kteří přispěli k současnému genetickému fondu, byl odhadnut na 6 918,64 a 323,68. Průměrné hodnoty koeficientu příbuzenské plemenitby byly 13,29 % (maximálně 28,60 %) pro referenční populaci (jedinci žijící a potenciálně schopní reprodukce, n = 597), 11,43 % (maximálně 24,60 %) pro bělouše (n = 296) a 15,12 % (maximálně 28,60 %) pro vraníky (n = 301). Podíl příbuzensky plemeněných jedinců byl 21,37 %. Koeficienty příbuznosti byly 40 % pro referenční populaci, 33 % pro bělouše a 39 % pro vraníky. Efektivní velikost populace byla odhadnuta na 61,7 pro referenční populaci, 61,7 pro bělouše a 45,63 pro vraníky. Výsledky naznačují, že populace vraníků vykazuje vyšší v porovnání s populací běloušů ztrátu genetické diverzity, přičemž ztráta způsobená příbuzenskou plemenitbou (GD_příbuzenská plemenitba) dosahuje 15,1 % a ztráta způsobená genetickým driftem (GD_Ne) činí 10,4 %.

Abstract:

This diploma thesis focuses on the genetic analysis of the Old Kladruber horse population, emphasizing its genetic diversity and structure. The Old Kladruber horse is maintained in two color varieties (grey and black). Due to its closed population, concerns regarding the loss of genetic variation are prominent. This study analyzed the genetic diversity and population structure of the Old Kladruber horse breed using pedigree data collected between 1729 and 2023. The dataset comprised 10,105 animals. The pedigree depth extended up to 56 generations, with an average of 8 complete generations. The reference population included 597 individuals, with a maximum pedigree depth of 4 generations and an average pedigree depth of 0.95 generations. The effective number of founders and ancestors contributing to the current genetic pool were estimated at 6,918.64 and 323.68, respectively. The average inbreeding coefficients were 13.29% (maximum 28.60%) for the reference population (individuals alive and potentially breeding, n = 597), 11.43% (maximum 24.60%) for the grey variety (n = 296), and 15.12% (maximum 28.60%) for the black variety (n = 301). The proportion of inbred individuals was 21.37%. The inbreeding coefficients were 40% for the reference population, 33% for gray horses, and 39% for black horses. The effective population size was estimated at 61.7 for the reference population, 61.7 for gray horses, and 45.63 for black horses. The results indicate that the black horse population exhibits a higher loss of genetic diversity compared to the gray horse population, with the loss due to inbreeding (GD_inbreeding) reaching 15.1% and the loss due to genetic drift (GD_Ne) amounting to 10.4%.

Klíčová slova

koeficient příbuzenské plemenitby, rodokmenové údaje, efektivní velikost populace

Keywords

inbreeding coefficient, pedigree data, population size

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 4. 2025

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: prof. Ing. Luboš Vostrý, Ph.D.
• Oponent: Karel Mach, Ph.D., externi

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Magisterský studijní program:
Chov hospodářských zvířat