Optimalizace "long-range PCR" u pacientů s hereditárními nádory.

Klára BROŽOVÁ

Bachelor's thesis

Optimisation of long-range PCR in patients with hereditary cancer.

Abstract:

Medicína zaměřena na onkologickou problematiku se v současnosti velice intenzivně vyvíjí, a to jak v oblasti diagnostické, tak v oblasti léčebné a preventivní. Do všech těchto oblastí zasahuje se svými stále většími možnostmi genetika. Ve své práci jsem se zabývala především specifickou podoblastí onkologie, a sice hereditárními nádory. Zaměřila jsem se na hereditární nádorové syndromy, především na hereditární karcinom prsu a ovarií. Pro nastavení účinné léčby pacientů jsou v oblasti genetiky zcela zásadní poznatky o struktuře a funkci genů BRCA1 a BRCA2, jejich mutacích a také rutinních metodách vyšetřování těchto genů, jako jsou například detekce velkých přestaveb genů BRCA1/2 pomocí polymerázové řetězové reakce dlouhých úseků (long-range PCR; LR- PCR). Pro amplifikaci vybraných amplikonů BRCA1/2 genů je velice důležité stanovení optimální teploty potřebné pro správné nasednutí primerů (Ta) v rámci LR-PCR. V této práci byla stanovena optimální Ta při LR-PCR pro 4 z 5 (80%) testovaných párů primerů genů BRCA1/2 o délce PCR produktů od 5 778 do 14 010 bp při použití QIAGEN LongRange PCR Kitu. Po ověření těchto výsledků bude možno začlenit metodu LR-PCR do rutinního vyšetřování genů BRCA1/2.

Abstract:

Medicine focused on oncology issues is currently developed very strongly, both in the area of diagnostics and in the therapeutic and preventive area. In all these areas, genetics is interfering with its ever-growing potential. In my work, I dealt primarily with a specific subgroup of oncology, namely hereditary tumors. I focused on hereditary cancer syndromes, especially on hereditary breast and ovarian cancer. In the field of genetics, knowledge about the structure and function of the BRCA1 and BRCA2 genes, their mutations, and also routine methods of investigation of these genes, such as the detection of large BRCA1/2 gene transformations using the long-range polymerase chain reaction (LR-PCR), are essential for the purpose of setting effective treatment for patients. For the amplification of selected BRCA1/2 gene amplicons, it is very important to determine the optimal temperature required for proper primer annealing (Ta) during LR-PCR. In this work, an optimal Ta was determined by the LR-PCR using the QIAGENLongRange PCR Kit for 4 out of 5 (80%) tested primer pairs of BRCA1/2 genes with the length of PCR product in the range of 5 778 to 14 010 bp. After verification of these results, it will be possible to incorporate the LR-PCR method into the routine investigation of BRCA1/2 genes.

Keywords

BRCA1, BRCA2, long-range PCR, hereditární nádorové syndromy

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Mária Janíková, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology