Termostabilita komplexů BRCA1-DNA.

Bc. Anna NIZIOLOVÁ

Master's thesis

Thermostability of BRCA1-DNA complexes.

Abstract:

Protein BRCA1 funguje jako jeden z mnoha proteinů podílejících se na udržení integrity genomu. Schopností proteinu BRCA1 je vázat se na DNA a rozpoznávat tak její poškozená místa. Jako nádorový supresorový protein se účastní homologní rekombinace. Nejlepší vazebnou afinitu proto vykazuje ke čtyřcestným spojením DNA, která připomíná poškozenou DNA. Dále se váže ke kvadruplexové DNA mnohem lépe než k superhelikální DNA a lineární DNA. V této práci byl studován vliv teploty na vazbu krátkého a dlouhého úseku proteinu BRCA1 na různé formy DNA. Také bylo sledováno, zda je vazba cílená na specifické sekvence či nikoli. Bylo potvrzeno, že DNA vazebná oblast proteinu BRCA1 se nachází v jeho centrální části (aminokyselinové zbytky 444 - 1057) a že vazba tohoto proteinu k DNA je teplotně nezávislá, zřejmě díky vnitřně neuspořádané povaze DNA vazebné oblasti proteinu.

Abstract:

BRCA1 acts as one of many proteins involved in maintaining genome integrity. The ability of the BRCA1 protein is to bind DNA to recognize its damaged sites. In process of homologous recombination is involved as a tumor suppressor protein. Therefore, it has the best binding affinity for the four-way DNA-junctions that resembles damaged DNA. Further, it binds to quadruplex DNA much better than superhelical DNA and linear DNA. In this work, the influence of temperature dependencies on the binding of short and long recombinant fragments of BRCA1 protein to various forms of DNA was studied. It was also monitored whether the binding is targeted to specific sequences or not. It was confirmed that the DNA binding region of the BRCA1 protein is located in its central region (amino acid residues 444-1057) and that the binding of this protein to DNA is thermally independent, possibly due to the intrinsically disordered nature of the DNA binding region of the protein.

Keywords

BRCA1, vazba DNA, termostabilita, plasmid, G-kvadruplex

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 4. 2019

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Date of defence: 20. 5. 2019
• Supervisor: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology