Studium interakcí lektinu RS20L se sacharidy metodami molekulového modelování

Mgr. Michal Ďurech, Ph.D.

Bakalářská práce

Study of interactions of RS20L lectin with saccharides using molecular modeling methods

Abstract:

This thesis is focused on bacterial lectin RS-20L from Ralstonia solanacearum, a phytopathogen that is responsible for several plant diseases. During the experimental preparation of a recombinant protein and attempts of functional characterization, several cases of very peculiar behaviour were recorded – extremely high stability of trimeric form, irreversible loss of binding properties after purification, etc. The research focuses on investigating the general and binding properties of the RS-20L lectin that could help to explain this unusual behaviour. The study was performed by means of computational chemistry and molecular modelling.

Abstract:

Táto práca sa zaoberá bakteriálnym lektínom RS-20L z Ralstonia solanacearum, fytopatogénu, ktorý je zodpovedný za niektoré rastlinné choroby. V priebehu prípravy rekombinantného proteínu a pokusov o jeho funkčnú charakterizáciu bolo zaznamenaných niekoľko prípadov veľmi záhadného správania - extrémne vysoká stabilita trimérnej formy, nevratná strata väzbových vlastností po purifikácii. Výskum sa zameriava na charakterizáciu všeobecných a väzbových vlastností lektínu RS-20L, ktorá by mohla pomôcť vysvetliť toto nezvyčajné správanie. Štúdie boli uskutočnené metódami počítačovej chémie a molekulového modelovania.

Klíčová slova

lektíny, interakcia lektín-sacharid, dokovanie, AutoDock, molekulová dynamika

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 6. 2009
• Vedoucí: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie