Volně žijící améby rodu Vannella (Amoebozoa) a jejich geny pro cytochrom c oxidázu I (COI)

Bc. Michaela Bochníčková

Master's thesis

Free-living amoebae of the genus Vannella (Amoebozoa) and their cytochrome c oxidase I (COI) genes

Anotácia:

V současné době je známo, že identifikace volně žijících améb včetně tzv. nahých améb skupiny Vannellida, nemůže být založena výhradně na jejich morfologii. Pro identifikaci těchto organismů se doporučuje kombinovat použití znaků morfologických a molekulárních. Doposud byla jako molekulární marker využívána téměř výhradně 18S rDNA. V některých případech ale 18S rDNA nedokáže rozlišit améby na úrovni druhu. V reakci na to byl pro Vannellida vybrán krátký úsek genu pro COI (tzv. DNA barcode) a doporučen jako vhodný molekulární marker. Nicméně v průkopnické studii bylo použito poměrně málo (celkem 12) kmenů rodu Vannella. Při studiu našeho datasetu (90 kmenů vannellidních améb reprezentovaných 240 sekvencemi zahrnujícími i sekvence molekulární klony) se nepodařilo jednoznačně potvrdit použití COI pro rozlišení druhů skupiny Vannellida.

Abstract:

Currently, the identification of free-living amoebae in general and naked lobose amoebae of the vannellid group specifically, cannot be based strictly on their morphology. For the identification of these organisms, a combination of morphological features and molecular markers is recommended. Until now, the 18S rDNA has been almost exclusively used as a molecular marker. However, in some cases the 18S rDNA cannot distinguish amoebae at the species level. In response, short fragment of the gene for COI (i.e. DNA barcode) was selected for Vannellida and recommended as an adeuqate molecular marker. Nonetheless, the pioneering study used relatively small number of Vannella strains, 12 in total. The study of our dataset (90 strains of vannelid amoebae represented by 240 sequences including sequences of molecular clones) did not confirmed unambiguously the usage of COI at species level within Vannellida.

Kľúčové slová

Amoebozoa, Vannella spp., cytochrom oxidáza I, DNA barcoding

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2016
• Vedúci: prof. MVDr. Iva Dyková, DrSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Ecological and Evolutionary Biology / Zoology