Studium struktury DNA kvadruplexů pomocí NMR spektroskopie

Mgr. Barbora Svobodová

Bachelor's thesis

Study of DNA quadruplex structures by NMR spectroscopy

Anotácia:

Tato bakalářská práce se zabývá studiem vlivu ztráty adeninu v TTA smyčkách na změnu struktury G-kvadruplexu tvořeného lidskou telomerní sekvencí AG3(TTAGGG)3. S využitím NMR experimentů bylo zjištěno, že stabilita struktury se mění v závislosti na pozici chybějící báze, jako nejlépe uspořádaná struktura se jevil oligonukleotid s abazickým místem v pozici 19. Lidská telomerní sekvence AG3(TTAGGG)3 vytváří v roztoku K+ dva odlišné konformery hybridního typu kvadruplexu, označované jako hybridní typ 1 a hybridní typ 2. Ztráta adeninu v pozici 19 zvýhodňuje tvorbu jedné z konformací. Na základě sekvenčního přiřazení bylo určeno, že se jedná o hybridní typ 1.

Abstract:

This bachelor thesis evaluates how the loss of an adenine base in TTA loops affects the structure and stability of the G-quadruplex formed by the human telomeric sequence AG3(TTAGGG)3. Using of NMR experiments we have found that the apurine lesions have different effect on this structure architecture, depending on the position of missing base. The sequence with apurine site in the position 19 appears the best structured. Human telomeric sequences AG3(TTAGGG)3 in K+ solution folds to hybride type intramolecular G-quadruplex with two different coexisting conformers noted Form 1 and Form 2. The loss of adenine in position 19 favors the formation of one the two conformers. Based on sequential assignment we determined the apurine site in position 19 adopts Form 1 folding topology.

Kľúčové slová

guaninový kvadruplex, guanine quadruplex, guaninová tetráda, guanine tetrad, hybridní typ kvadruplexu, hybrid-type quadruplex, glykosidický torzní úhel, glycosidic torsion angle, Hoogsteenovo párování bází, Hoogsteen base pairing, telomera, telomere, NMR spektroskopie, NMR spectoscopy

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2011
• Vedúci: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry