DNA barcode databáze pro identifikaci rozsivek z pískoven

Tereza REIMEROVÁ

Bachelor's thesis

DNA barcode database for identification of diatoms inhabiting sandpits

Anotácia:

Rozsivky jsou jednobuněčné organismy, patřící do skupiny mikroskopických řas, které se vyskytují ve všech vodních prostředích. Díky jejich rozšíření a citlivosti na změny prostředí jsou důležitými indikátory pro určování kvality vody. Určování rozsivek na základě morfologie pomocí světelné mikroskopie je velice časově náročné a vyžaduje taxonomickou odbornost. V současné době je pro jednodušší identifikaci rozsivek navržena metoda DNA barcodingu. DNA barcoding je založen na identifikaci pomocí krátkého úseku DNA, tzv. DNA barcodes. Pro účinné použití je zapotřebí dobře vytvořená databáze, která zahrnuje morfologická, molekulární a ekologická data o rozsivkových druzích. V této práci byla zpracována rešerše k tomuto tématu na navazující diplomovou práci, detailnější charakteristika sledované skupiny řas a byly vyzkoušeny metody sběru, izolace a kultivace materiálu. Vzorky rozsivek byly odebrány na 12 lokalitách a ze všech vytvořeny trvalé preparáty. Z 8 vzorků byly izolovány klonové kultury rozsivek pro další zpracování. Na závěr práce bylo vytvořeno praktické cvičení na téma: "Rozsivky v přírodě a pod drobnohledem" pro studenty SŠ.

Abstract:

Diatoms are unicellular organisms belonging to the group of microscopic algae that occur in all aquatic environments. Due to their spread and sensitivity to environmental changes, they are important indicators for water quality monitoring. Identification based on morphology by light microscopy is time consuming and requires taxonomic expertise. Currently, the DNA barcoding method is suggested for easier identification of diatoms. DNA barcoding is based on the identification of a short DNA segment, the so-called DNA barcode. A well-developed database that includes morphological, molecular and ecological data on diatom species is needed for effective use. This bachelor theses (as introduction of the diploma theses) focus on detail characterization of investigated algal group and training methods of diatom sampling, isolation and cultivation. Diatoms from 12 sites were sampled, cleaned and mounted in Naphrax pernamet slides. Finally, a practical exercise "Diatoms in nature and under microscope" arised as a didactic output for secondary school students.

Kľúčové slová

DNA barcoding, rozsivky, praktické cvičení, pískovny, Morava

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: prof. RNDr. Aloisie Poulíčková, CSc.

Palacký University Olomouc

Faculty of Physical Culture

Bachelor programme / odbor:
Physical Education and Sports / TV-BI