Genetická diferenciace druhů rodu Quercus

Bc. František Viktorin

Master's thesis

Genetic differentiation of Quercus species

Anotácia:

Tato diplomová práce nazvaná Genetická diferenciace druhů rodu Quercus byla zaměřena na ověření možností využití mikrosatelitových multiplexů u vybraných zástupců rodu pro efektivní analýzu jejich genetické informace. Cílem bylo otestování amplifikace vybraných primerových sekvencí, již dříve optimalizovaných pro Quercus petraea, také u Q. robur a Q. rubra. Amplifikace 18 mikrosatelitových markerů obsažených ve dvou multiplexech byla provedena na třiceti jedincích od každého ze tří cílových druhů, odebraných z lokality společného výskytu. Výsledky ukázaly úspěšný průběh amplifikace všech lokusů u referenčního druhu Q. petraea a fylogeneticky více příbuzného Q. robur. U introdukovaného Q. rubra došlo k úspěšné amplifikaci na 15 z celkových 18 lokusů. Analýza mezidruhové genetické struktury dokázala vysokou míru diferenciace mezi Q. rubra a evropskými druhy. Mezi Q. petraea a Q. robur byla pozorována mírná, ale dostatečně významná hodnota diferenciace. Použité mikrosatelity se prokázaly jako potencionálně velmi vhodná sada markerů pro mezidruhovou diferenciaci, která umožňuje determinaci na úroveň konkrétních druhů.

Abstract:

This diploma thesis titled Genetic differentiation of Quercus species was focused on verification of possible application of microsatellite multiplexes to selected members of the genus for effective analysis of their genetic information. The aim was to test amplification of selected primer sequences, that were already optimized for Quercus petraea, also in Q. robur and Q. rubra as well. An amplification of 18 microsatellites combined into two multiplexes was performed on thirty individuals sampled of each of the three target species that were collected at a location of common occurrence. The results showed a successful execution of the amplification of all loci in the reference species Q. peatraea and phylogenetically more related Q. robur. A successful amplification at 15 of the total 18 loci happened in the introduced Q. rubra. An analysis of interspecific genetic structure demonstrated high degree of differentiation between Q. rubra and the European species. Moderate but significant degree of differentiation was observed between Q. petraea and Q. robur. The employed microsatellites proved to be potentially a highly reasonable set of markers for interspecific differentiation which allows determination at a level of individual species.

Kľúčové slová

Quercus, genetická diferenciace, mikrosatelity, multiplex

Keywords

Quercus, genetic differentiation, microsatellites, multiplex

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 4. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Jiří Korecký, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Forestry and Wood Sciences

Master programme / odbor:
Forestry Engineering / Forest Engineering