Bioinformatická analýza potenciálních glykosyltransferas z Mycobacterium tuberculosis

Bc. Zuzana Žufanová

Master's thesis

Bioinformatical analysis of putative glycosyltransferases from Mycobacterium tuberculosis

Anotácia:

Mycobacterium tuberculosis je patogenní bakterie, která svoji obranu proti imunitnímu systému hostitele zakládá mimo jiné na buněčné stěně. Tato práce se zabývá vybranými hypotetickými proteiny z M. tuberculosis CDC1551 s cílem nalézt glykosyltransferasy, které se podílí na stavbě buněčné stěny, díky čemuž jsou zajímavými terapeutickými cíli v boji proti této bakterii. Hypotetické proteiny byly srovnávány s již popsanými glykosyltransferasami pomocí analýzy hydrofobních klastrů (HCA) a predikované 3D struktury programy Phyre, RaptorX a I-TASSER. Na základě predikované struktury byly v proteinech vyhledávána vazebná místa. Dále byly u proteinů vyhledávány domény programem BLAST a predikovány transmembránové úseky balíkem programů PSIPRED. Pomocí výsledků byly vytipovány proteiny, které by mohly mít funkci glykosyltransferasy.

Abstract:

Mycobacterium tuberculosis is a pathogenic bacterium. Its cell wall protects it against the immune system of the host. This thesis deals with selected hypothetical proteins from M. tuberculosis CDC1551 to find glycosyltransferases that are involved in cell wall synthesis. That makes them an interesting therapeutic target for fighting this bacterium. Hypothetical proteins were compared with described glycosyltransferases by hydrophobic cluster analysis (HCA) and 3D structure prediction (Phyre, RaptorX, I-TASSER software). The binding sites prediction was done according to structure prediction, except that proteins were used for domain searching by BLAST and transmembrane helix prediction by PSIPRED software package. The results were used to identify proteins that could have glycosyltransferase activity.

Kľúčové slová

glykosyltransferasy, Mycobacterium tuberculosis, hypotetický protein, I-TASSER, RaptorX, Phyre, BLAST, HCA, glycosyltransferases, hypothetical protein

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2016
• Vedúci: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Josef Houser, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics