Vyhledávání vazebných míst cukrů v molekulách proteinů

Mgr. Zdeněk Beneš

Bachelor's thesis

Searching for binding sites of sugars in proteins

Anotácia:

V současné době je dostupno velké množství informací ohledně struktur proteinů. Tyto látky často váží molekuly cukrů a vazebná místa těchto cukrů jsou významnými částmi proteinů. Proto je velmi užitečné mít k dispozici informace ohledně uvedených vazebných míst. Za tímto účelem jsem navrhl a implementoval software Sugars_Find, který je schopen vyhledat v rámci databáze Protein Data Bank všechna vazebná místa cukrů a rozdělit je do skupin podle jejich názvu případně chemického složení. Funkčnost vytvořeného software jsem ověřil tím, že jsem pomocí něho zpracoval všechny proteiny z databáze Protein Data Bank (více než 60 000 proteinů) a nalezl v nich více než tisíc různých vazebných míst cukrů.

Abstract:

The goal of this bachelor thesis is to design and implement software which is able to locate the sugar binding sites in proteins.

Kľúčové slová

proteiny, cukry, proteinové motivy, data mining, Protein Data Bank

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2010
• Vedúci: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Petr Fibinger

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Computer Networks and Communication