Proteiny interagující s DNA triplexy

Simona GUZIUROVÁ

Bachelor's thesis

Proteins interacting wih DNA triplexes

Anotácia:

Dvouřetězcová DNA struktura je schopna vytvořit pomocí vodíkové vazby s triplex-tvořícím oligonukleotidem (TFO) trojitou strukturu. TFO rozpoznává a těsně se váže na velký žlábek DNA sekvenčně specifickým způsobem. Interakce triplexů představuje výkonný nástroj pro manipulaci s DNA a schopnost zaměřit se na konkrétní sekvence, což je výhodné například pro místně řízenou mutagenezi a štěpení, inhibici transkripce, rekombinaci a opravu DNA. Triplexy mají roli také v organizaci chromatinu. Na intermolekulární i intramolekulární triplexy a na struktury vyššího stupně, jako jsou například G-kvadruplexy, se mohou vázat specifické proteiny, které tyto struktury stabilizují. Tyto komplexy poté mohou hrát roli například v regulaci genové exprese.

Abstract:

Double-stranded DNA structure is able to form a triple helix, through hydrogen bonds with triplex-forming oligonucleotide (TFO). TFO recognizes and tightly binds in the major groove of the duplex in a sequence-specific manner. Triplex interactions provide a powerful tool for DNA manipulation and the ability to target specific sequences. This can be useful, for example, for site-directed mutagenesis and cleavage, transcriptional inhibition, recombination, and DNA repair. Triplexes also play a role in chromatin organization. Specific proteins that stabilize these structures can bind to intermolecular and intramolecular triplexes and also to higher structures such as G-quadruplexes. For example, these complexes might play a role in the regulation of gene expression.

Kľúčové slová

triplex, dvoušroubovice, DNA, proteiny, interakce DNA-protein, triplex-tvořící oligonukleotid

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2019

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 5. 2019
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / Experimental Biology