Studium laserem indukovaného oxidativního značení proteinů

Mgr. Lukáš Tomíček

Bachelor's thesis

Study of laser induced oxidative labeling of proteins

Abstract:

V této bakalářské práci se věnujeme rychlé fotochemické oxidaci proteinů a jejich detekcí pomocí metody MALDI-TOF MS. Dále se věnujeme možnosti rozšíření detekce využitím elektroforézy. Bylo zapotřebí se teoretické úrovni seznámit s metodou footprintingu, kterou fotochemická oxidace je, dále pak s MALDI-TOF MS a se zónovou kapilární elektroforézou. Po navržení způsobu dávkování kapilárním vzlínáním se prováděla fotolýza peroxidu vodíku, který slouží jako zdroj hydroxylových radikálů, které právě způsobují samotnou oxidaci. Po ozáření vzorku v křemenné kapiláře se nanesl na MALDI destičku, na které již byla připravena matrice CHC. A vzorek podstoupil analýzu. Kvůli možnosti rozšíření práce a využití kapilární elektroforézy bylo zapotřebí osvojit si základní principy a provést reprodukovatelné měření. K tomu byly vybrány dva modelové vzorky peptidů Angiotensin I a Bradykinin.

Abstract:

In this thesis we study fast photochemical oxidation of proteins and their detection using the MALDI-TOF MS. Furthermore, we extend the possibilities of detection using electrophoresis. It needs to be familiar with the theoretical level by footprinting by photochemical oxidation, followed by a MALDI-TOF MS and capillary zone electrophoresis. After the design of dosing capillary action was carried out photolysis of hydrogen peroxide, which serves as a source of hydroxyl radicals, which itself was caused oxidation. After irradiation the sample in a quartz capillary tube is applied a MALDI plate on which has already been prepared CHC matrix. A sample underwent analysis. The possibility for extension work and the use of capillary electrophoresis was needed to acquire the basic principles and perform reproducible measurements. This model was chosen two samples of peptides Angiotensin I and Bradykinin.

Keywords

FPOP, Fotochemická oxidace, footprinting, MALDI, TOF, matrice, Protein, Elektroforéza, Hmotnostní spektrometrie, Methionin, Cystein, Bradykinin, Laser, Fotochemical oxidation, Matrix, Electrophoresis, Mass spectrometry, Methionine, Cysteine

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 12. 6. 2012
• Supervisor: prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Applied Biochemistry / Applied Biochemistry