Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů – Bc. Barbora Knappeová
Bc. Barbora Knappeová
Bachelor's thesis
Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů
Molecular simulations of structural dynamics of guanine quadruplexes
Anotácia:
Tato bakalářská práce se zabývá vlastnostmi a vyhodnocováním dynamiky paralelních guaninových kvadruplexů v all-anti konformaci s posunutým sloupcem guaninů. Provedli jsme molekulově dynamické simulace kvadruplexů se sníženým počtem guaninových tetrád v explicitním solventu a přítomnosti iontů, které měly stabilizovat strukturu, případně vyvolat sbalení těchto struktur. Zkoumali jsme i interakce DNA …viacAbstract:
This bachelor's thesis deals with the properties and dynamics evaluation of guanine quadruplexes in the all-anti conformation with a shifted guanine column. We performed molecular dynamic simulations of quadruplexes with reduced number of guanine quartets in an explicit solvent and the presence of ions, which were supposed to stabilize the structure or induce refolding. Interactions of DNA with ions …viac
Jazyk práce: Czech
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2023
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/yg4d3/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 29. 6. 2023
- Vedúci: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
- Oponent: RNDr. Miroslav Krepl, Ph.D.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / odbor:
Chemistry / Chemistry
Práce na příbuzné téma
-
Dynamics of free and solvated molecules
Kateryna Grygoryeva -
Studium molekulových interakcí v L1 ribosomálním stalku
Miroslav Krepl -
Interakce proteinu p53 s guaninovými kvadruplexy a jinými sekundárními strukturami DNA
Marek Petr -
Elektrochemické metody pro detekci interakcí DNA s proteiny a pro sledování enzymatických přeměn DNA
Monika Hermanová -
Příprava superparamagnetických částic a studium jejich vlastností na separaci molekul DNA
Aram Zolal