Analýza genových polymorfismů v MBL2 genu a její diagnostický význam

Jana PEŠKOVÁ

Bachelor's thesis

Analysis of gene polymorphisms in the MBL2 gene and its diagnostic significance

Abstract:

Gen MBL2 kóduje protein zvaný manózu vázající lektin, který je složkou imunitního systému. Protein se účastní nespecifické humorální imunitní odpovědi, opsonizuje patogenní mikroorganismy a zajišťuje aktivaci komplementu lektinovou cestou vedoucí k jejich eliminaci a zároveň k indukci zánětu. Deficitní hladiny MBL proteinu jsou široce zkoumány v souvislostech s opakovanými infekcemi, autoimunitními onemocněními i řadou dalších chorob. Sérovou hladinu MBL proteinu ovlivňují polymorfismy v MBL2 genu, které se nacházejí celkem ve třech kodonech označovaných jako 52, 54 a 57. Mutace v kodonu 52 se označuje jako alela D, pro kodon 54 jako alela B a pro kodonu 57 jako alela C. Tyto mutované alely jsou často souhrnně označovány jako alely 0, wild type alela je značena písmenem A. Další polymorfismy se nacházejí v netranslatovaných oblastech. V promotoru 1 se nachází v pozici -550 (varianty H/L), druhý v pozici -221 (varianty X/Y) a jeden je lokalizován v oblasti netranslatovaného 5' konce regulačního lokusu v pozici +4 (varianty P/Q). Praktickou část jsem vykonala v genetické laboratoři GENLABS s.r.o. v Českých Budějovicích. Zaměřila jsem se na analýzu polymorfismů MBL2 genu, které se nacházejí v exonu 1 (alely B, C, D). Vyšetřila jsem celkem 30 vzorků, z nichž 25 pocházelo od pacientů postižených demencí a 5 od pacientů bez známek demence. Analýza zahrnovala izolaci DNA, měření její koncentrace, přípravu a provedení metody PCR s následnou kontrolou produktů pomocí gelové elektroforézy. PCR produkty byly přečištěny a osekvenovány. Přesným popisem analýzy se zabývám v praktické části mé bakalářské práce, včetně přehledu získaných výsledků.

Abstract:

MBL2 gene codes a protein called mannose binding lectin, a component of our immune system. This protein takes a part in a nonspecific humoral immune response, opsonizing pathogenic microorganisms and providing activation of the lectin pathway in the complement system, leading to elimination of pathogens and simultaneously inducing the inflammation. MBL deficiencies are widely researched in cases of recurrent infections, autoimmune diseases and others. MBL-protein serum level is affected by polymorphisms in MBL2 gene, located in three codones marked as '52', '54' and '57'. A mutation of the '52' codon is referred to as an allele D, for the '54' codon as an allele B and for the '57' codon as an allele C. In many cases the alleles might be referred to as the alleles zero (0), or as an 'A' in the case of wildtype alleles. Other polymorphisms are located in non-translated locations. The first one may be found in the promotor 1, in a position -550 (variants H/L); the second one in a position -221 (variants X/Y); and the third one in a non translated 5'-end-part of a locus in a position +4 (variants P/Q). The practical part of this bachelor thesis was executed in the genetic lab in the company GENLABS s.r.o., České Budějovice. I focused on the analysis of MBL2 polymorphisms located in exon 1 (alleles B, C, D). I examined 30 patient samples, 25 of them were provided by patients with ongoing dementia and 5 of the samples were taken from patients with no signs of dementia. The protocol of the analysis consisted of an isolation of DNA, a measurement of DNA concentration, a preparation and an execution of a PCR method followed by a control of the products in a gel electrophoresis. These PCR products were then purified and sequenced. A precise description of the analysis including an overview of the obtained results are summed in the practical part of this bachelor thesis.

Keywords

Alzheimerova choroba, cystická fibróza, manózu vázající lektin, MBL2 gen, PCR, polymorfismus, Sangerovo sekvenování

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 6. 2020

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Dagmar Riegert Bystřická, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician