Charakterizace DSS1 proteinových interakcí

Bc. Barbora Štefanovie

Diplomová práce

Characterization of the DSS1 protein interaction

Anotace:

Malý kyslý ľudský proteín DSS1 interaguje s tumor supresorovým proteínom BRCA2, ktorý pôsobí ako rekombinačný mediátor pri procese opravy DNA pomocou homologickej rekombinácie. Napriek tomu, že štruktúra DSS1 proteínu je známa, a že DSS1 interaguje s proteínom BRCA2, jeho funkcia v procese homologickej rekombinácie zostáva neobjasnená. Táto diplomová práca popisuje funkčnú spojitosť medzi proteínom DSS1 a významnými proteínmi pôsobiacimi v procese homologickej rekombinácie -hRPA a hRAD52. Najprv bolo pomocou pull-down reakcií dokázané, že DSS1 interaguje s oboma spomínanými proteínmi. Sila týchto interakcií však bola negatívne ovplyvnená prítomnosťou ssDNA. Pre hlbšie objasnenie mechanizmu, ktorým sa hRPA a hRAD52 viažu na ssDNA a aká je úloha DSS1 proteínu v tomto mechanizme, bola využitá gelová retardačná analýza (EMSA). V prípade hRPA proteínu, prítomnosť DSS1 stimulovala jeho ssDNA väzbovú aktivitu. Na druhej strane, DSS1 inhiboval schopnosť hRAD52 proteínu viazať ssDNA. Podobné výsledky boli získané pre kvasinkové homologické proteíny, čo by mohlo naznačovať konzervované funkcie týchto interakcií v súvislosti s procesom homologickej rekombinácie.

Abstract:

DSS1 is a small acidic protein, which interacts with BRCA2, a tumor suppressor protein, that acts as a recombination mediator during DNA repair mediated by the process of homologous recombination. Despite its known structure and interaction with BRCA2 protein, the function of DSS1 protein during the homologous recombination remains unclear. Here, we describe functional connection between DSS1 and hRPA, or hRAD52 proteins respectively, which also take part in homologous recombination. Firstly, we demonstrated by pull-down assays that DSS1 interacts with both hRPA and hRAD52 proteins. These interactions were negatively influenced by the presence of ssDNA. Electrophoretic shift mobility assay (EMSA) was used for the deeper study of the mechanism by which hRPA or hRAD52 bind ssDNA and what is the role of DSS1 protein in ssDNA binding activity of these proteins. In the case of hRPA, DSS1 protein had a stimulatory effect on the ssDNA binding activity of hRPA. On the other hand, in the case of hRAD52, the presence of DSS1 protein inhibited its ssDNA binding activity. Moreover, we obtained similar results using the yeast homologous proteins what could suggest the conserved functions of these interactions connected to homologous recombination.

Keywords

homologous recombination, DSS1 protein, DNA repair, RPA protein, hRAD52 protein

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2011
• Vedoucí: doc. Mgr. Lumír Krejčí, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Analytická biochemie