Korelované mutace v proteinech

Mgr. Ondřej Vávra

Bachelor's thesis

Correlated mutations in proteins

Anotácia:

Korelované mutace vznikají v proteinech jako kompenzace změn vzniklých bodovými mutacemi v polypeptidovém řetězci. Tyto mutace mohou nastat z funkčních i strukturních důvodů. Korelované mutace lze identifikovat pomocí nástrojů, které kombinují matematické a informatické přístupy. Mezi tyto základní nástroje patří metody studující koevoluci na úrovni párů reziduí, metody identifikující pozice určující specificitu a metody identifikující skupiny korelovaných reziduí. Výsledky analýz lze uplatnit zejména v proteinovém inženýrství při hledání reziduí s vlivem na funkci a stabilitu proteinů, či identifikaci vhodných pozic pro proteinovou mutagenezi. Dále pak pro předpověď struktur proteinů, identifikaci funkčních míst nebo reziduí účastnících se alosterických regulačních cest v proteinech.

Abstract:

Correlated mutations in proteins originate as compensations of changes caused by point mutations in polypeptides. These mutations can occur due to functional and structural constraints. Correlated mutations can be identified by tools employing combined statistical and informatic approaches. These basic tools consist of methods studying coevolution on residue pair level, methods identifying specificity determining positions and methods identifying groups of correlated residues. The results of analyses could be applied in protein engineering for detection of residues with impact on protein fiction and stability or identification of suitable positions for protein mutagenesis. Furthermore, the results can be applied in prediction of protein structure, identification of functional sites or residues which take part in allosteric regulation pathways in proteins.

Kľúčové slová

korelované mutace, pozice určující specificitu, koevoluce reziduí, výpočetní metody

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2014
• Vedúci: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics