Šum v alternativním sestřihu u rostlin

Bc. Yuliia Mironova

Bachelor's thesis

The noise in alternative splicing in plants

Anotácia:

Vývoj technik molekulární biologie odhalil mimořádnou komplexitu v transkriptomech většiny eukaryontních organizmů. Usuzuje se, že pozorovaná komplexita je z velké části zajištěná alternativním sestřihem. Podle transkriptomických studií se odhaduje, že alternativnímu sestřihu u člověka podléhá více než 95 % multiexonových genů a u Arabidopsis thaliana více než 61 % multiexonových genů. V posledním desetiletí postupně nabývá na popularitě myšlenka, že většina pozorovaných sestřihových událostí není funkční a za vysokou odhadovanou mírou alternativního sestřihu u eukaryontních organizmů je aspoň částečně zodpovědný stochastický šum. Tato práce je věnovaná zjištění stavu problematiky, tzv. šumu v alternativním sestřihu v živočišných systémech a porovnání se systémy rostlinnými.

Abstract:

Development of the molecular biology technics uncovered surprising complexity of the majority of eukaryotic transcriptomes. Observed complexity was thought to be mostly due to the alternative splicing. 95 % of the human multi-exonic genes and almost 61 % of the multi-exonic genes of Arabidopsis thaliana are estimated to undergo alternative splicing. In the recent decade, the idea that most of the observed splicing events are not functional and that the estimated high rate of alternative splicing in eukaryotes is resulting from stochastic noise is becoming popular. This thesis presents current insights on the state of the noise in alternative splicing in the animal systems and its comparison to the plant systems.

Kľúčové slová

Alternativní sestřih, Arabidopsis thaliana, mRNA, transkriptomika, proteomika, translatomika, NGS, MS/MS, NMD, šum v alternativním sestřihu, duplikace genů, konzervovanost alternativního sestřihu, selekční tlak, genetický drift, komplexita organizmu, Alternative splicing, transcriptomics, proteomics, translatomics, noise in alternative splicing, gene duplication, alternative splicing conservation, selection pressure, genetic drift, organism complexity

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2019
• Vedúci: Mgr. Kamil Růžička, Dr. rer. nat.
• Oponent: Karel Müller

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics